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- PDB-3mup: cIAP1-BIR3 domain in complex with the Smac-mimetic compound Smac037 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mup
タイトルcIAP1-BIR3 domain in complex with the Smac-mimetic compound Smac037
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
キーワードAPOPTOSIS INHIBITOR / Zinc-Finger motif
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / CD40 receptor complex ...negative regulation of ripoptosome assembly involved in necroptotic process / FBXO family protein binding / regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / XY body / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / necroptotic process / regulation of cell differentiation / canonical NF-kappaB signal transduction / response to cAMP / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / ubiquitin binding / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / placenta development / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / protein-folding chaperone binding / transferase activity / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / response to ethanol / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / apoptotic process / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain ...BIRC2/BIRC3, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SMK / Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cossu, F. / Malvezzi, F. / Canevari, G. / Milani, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Recognition of Smac-mimetic compounds by the BIR domain of cIAP1
著者: Cossu, F. / Malvezzi, F. / Canevari, G. / Mastrangelo, E. / Lecis, D. / Delia, D. / Seneci, P. / Scolastico, C. / Bolognesi, M. / Milani, M.
履歴
登録2010年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,84512
ポリマ－57,5614
非ポリマー2,2848
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.630, 79.790, 98.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 2 / Inhibitor of Apoptosis Proteins 1 (cIAP1) / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / ...Inhibitor of Apoptosis Proteins 1 (cIAP1) / Inhibitor of apoptosis protein 2 / IAP-2 / hIAP-2 / hIAP2 / C-IAP1 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 2 / IAP homolog B / RING finger protein 48


分子量: 14390.241 Da / 分子数: 4 / 断片: Repeat 3 (BIR3) domain, UNP residues 251-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API1, BIRC2, IAP2, MIHB, RNF48 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13490
#2: 化合物
ChemComp-SMK / (3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(2-aminoethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide / Smac-037


分子量: 505.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H39N5O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M Litium Sulphate; Drop volume: 0.3ul; Protein proportion: 67%; Protein concentration: 10 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→53.27 Å / Num. all: 17109 / Num. obs: 15911 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 55.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.9.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D9U, chain A

3d9u


解像度: 2.6→53.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9254 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8752 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2876 798 5.02 %RANDOM
Rwork0.2259 ---
obs0.229 15907 92.7 %-
all-15911 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4624 Å20 Å29.983 Å2
2---2.2137 Å20 Å2
3---6.676 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.358 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→53.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3325 0 152 78 3555
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1171SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes521HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3438HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion400SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3750SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3598HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4875HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.51
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2961 157 5.3 %
Rwork0.205 2804 -
all0.2095 2961 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9664-0.66110.69535.54940.93814.85750.0094-0.01470.0412-0.06620.07380.0727-0.04460.0747-0.08320.03190.0023-0.0441-0.19070.0619-0.14729.0098-2.947310.9623
21.59830.59380.76723.5142-0.10745.94730.00310.080.01250.11810.0834-0.0985-0.19910.1437-0.0865-0.03120.0047-0.0198-0.1421-0.0409-0.136140.3284-11.394338.0576
32.8886-0.58522.12254.93160.55223.23850.0981-0.137-0.16290.1742-0.033-0.02830.0894-0.0859-0.0651-0.063-0.0545-0.0929-0.1129-0.0386-0.102123.876-34.350614.6506
42.8960.27731.59684.3306-1.22433.45960.10980.0525-0.0603-0.1403-0.00640.09460.23260.0609-0.1034-0.03390.0592-0.0554-0.15140.0403-0.097145.2922-43.121534.8782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|1 A|254 - A|354 A|600 - A|600 }A1
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|1 A|254 - A|354 A|600 - A|600 }A254 - 354
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|1 A|254 - A|354 A|600 - A|600 }A600
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|2 B|255 - B|354 B|600 - B|600 }B2
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|2 B|255 - B|354 B|600 - B|600 }B255 - 354
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|2 B|255 - B|354 B|600 - B|600 }B600
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|3 C|254 - C|356 C|600 - C|600 }C3
8X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|3 C|254 - C|356 C|600 - C|600 }C254 - 356
9X-RAY DIFFRACTION3{ C|3 - C|3 C|254 - C|356 C|600 - C|600 }C600
10X-RAY DIFFRACTION4{ D|4 - D|4 D|254 - D|355 D|600 - D|600 }D4
11X-RAY DIFFRACTION4{ D|4 - D|4 D|254 - D|355 D|600 - D|600 }D254 - 355
12X-RAY DIFFRACTION4{ D|4 - D|4 D|254 - D|355 D|600 - D|600 }D600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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