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- PDB-3mtx: Crystal structure of chicken MD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mtx
タイトルCrystal structure of chicken MD-1
要素Protein MD-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MD-1 / Ly86 / RP105 associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 86 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-PGT / Lymphocyte antigen 86
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yoon, S.I. / Hong, M. / Han, G.W. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of soluble MD-1 and its interaction with lipid IVa.
著者: Yoon, S.I. / Hong, M. / Han, G.W. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MD-1
B: Protein MD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8936
ポリマ－34,1492
非ポリマー1,7444
水2,630146
1
A: Protein MD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9763
ポリマ－17,0741
非ポリマー9012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein MD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9183
ポリマ－17,0741
非ポリマー8432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.118, 76.494, 101.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Protein MD-1 / Ly-86 / Lymphocyte antigen 86


分子量: 17074.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LY86, MD-1, MD1 / プラスミド: pAcGP67 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 insect cells / 参照: UniProt: Q90890
#2: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE LIGAND DENOTED AS PGT HAS BEEN CO-PURIFIED ALONG WITH THE PROTEIN AND ITS EXACT IDENTITY IS NOT ...THE LIGAND DENOTED AS PGT HAS BEEN CO-PURIFIED ALONG WITH THE PROTEIN AND ITS EXACT IDENTITY IS NOT KNOWN. PGT REPRESENTS A CLOSE MATCH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 4000, 100 mM Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 21878 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.66 / Num. unique all: 2077 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 12.312 / SU ML: 0.149 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: A PEG4000 FRAGMENT (PGE) FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION AND A GLYCEROL MOLECULE (GOL) FROM CRYO SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25182 1095 5 %RANDOM
Rwork0.22119 ---
obs0.22275 20652 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 110 146 2409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7232.0083123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9163.0163786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1124.44490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26615375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.48159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8861.51387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2251.5562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67922244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.423930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9654.5878
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11802tight positional0.040.05
22109medium positional0.430.5
11944loose positional0.045
11802tight thermal0.120.5
22109medium thermal0.252
11944loose thermal0.1310
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 65 -
Rwork0.29 1444 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1501-0.381-0.38731.93411.1972.5730.07650.1117-0.06120.0005-0.12440.0079-0.1019-0.2710.04790.0159-0.01710.00440.50870.01550.200712.37833.34621.571
23.3991.7343-0.36443.7946-0.81911.9989-0.09070.2865-0.07460.17520.2543-0.3486-0.79140.2686-0.16360.0718-0.0271-0.00610.4933-0.0230.306630.51932.50225.222
34.0954-0.22511.46212.60530.63483.68250.04830.36280.0677-0.171-0.0544-0.1268-0.3759-0.0620.00610.0597-0.00840.03710.4403-0.0110.19217.6336.87522.2
410.1323-2.3862.04545.1584-0.67463.92370.17470.4116-0.0282-0.1919-0.143-0.0047-0.1359-0.2527-0.03170.0379-0.01810.05360.4491-0.01350.160213.58630.19418.343
53.56130.4822-0.82431.9737-1.21132.21230.1179-0.2331-0.01680.014-0.2050.0345-0.12620.15980.0870.0320.0189-0.00750.5421-0.05390.17827.6932.956-8.62
62.2578-2.4176-0.72694.53991.106911.2282-0.0032-0.47940.1281-0.19070.26230.319-0.83210.0652-0.25910.10170.0226-0.01960.6364-0.02710.28279.46632.215-12.281
73.93641.34090.3451.8489-0.39593.36560.3105-0.41870.15170.2349-0.15070.1172-0.41190.0796-0.15980.10160.03110.01590.4802-0.02230.221122.35836.635-9.303
89.86642.65212.04665.41681.70715.04450.3015-0.49980.03230.1992-0.32710.08430.00570.14210.02560.04640.01980.03110.5248-0.04850.135826.31729.844-5.363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3A111 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4A133 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5B19 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6B94 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7B111 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8B133 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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