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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mtw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of L-Lysine, L-Arginine carboxypeptidase Cc2672 from Caulobacter Crescentus CB15 complexed with N-methyl phosphonate derivative of L-Arginine | |||||||||
![]() | L-Arginine carboxypeptidase Cc2672 | |||||||||
![]() | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional Identification and Structure Determination of Two Novel Prolidases from cog1228 in the Amidohydrolase Superfamily 著者: Xiang, D.F. / Patskovsky, Y. / Xu, C. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sisco, A.A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Raushel, F.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 757.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42668.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CC_2672 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 479分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/M3R.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/M3R.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-M3R / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→36.57 Å / Num. all: 73648 / Num. obs: 73648 / % possible obs: 98.59 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.078 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.354 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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