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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mtu | ||||||
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タイトル | Structure of the Tropomyosin Overlap Complex from Chicken Smooth Muscle | ||||||
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![]() | CONTRACTILE PROTEIN / tropomysoin / overlap complex / coiled-coils | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral scaffold / Smooth Muscle Contraction / protein localization to astral microtubule / cortical microtubule cytoskeleton / mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / Striated Muscle Contraction / microtubule plus-end / cell projection membrane / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...viral scaffold / Smooth Muscle Contraction / protein localization to astral microtubule / cortical microtubule cytoskeleton / mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / Striated Muscle Contraction / microtubule plus-end / cell projection membrane / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / non-motile cilium assembly / microtubule bundle formation / microtubule plus-end binding / protein localization to centrosome / microtubule organizing center / negative regulation of microtubule polymerization / virion assembly / mitotic spindle pole / microtubule polymerization / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / spindle midzone / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / cardiac muscle contraction / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of microtubule polymerization / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoskeletal protein binding / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / RHO GTPases Activate Formins / actin filament / actin filament organization / protein localization / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / actin filament binding / cell migration / actin cytoskeleton / microtubule / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / focal adhesion / centrosome / protein kinase binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Klenchin, V.A. / Frye, J. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the tropomyosin overlap complex from chicken smooth muscle: insight into the diversity of N-terminal recognition . 著者: Frye, J. / Klenchin, V.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 496.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 8713.371 Da / 分子数: 4 断片: Fusion protein of residues 1-29 of chicken smooth muscle tropomyosin and residues 215-257 of human EB1 protein,Fusion protein of residues 1-29 of chicken smooth muscle tropomyosin and ...断片: Fusion protein of residues 1-29 of chicken smooth muscle tropomyosin and residues 215-257 of human EB1 protein,Fusion protein of residues 1-29 of chicken smooth muscle tropomyosin and residues 215-257 of human EB1 protein 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: TPM1, MAPRE1 / プラスミド: pET31B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 8956.418 Da / 分子数: 2 断片: Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin,Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues ...断片: Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin,Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() プラスミド: pET31B / 遺伝子: TPM1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 365分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-EOH / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 16% MePEG 5000, 100 mM MES, pH 6.0, 140 mM CaCl2, 2% methanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 33163 / Num. obs: 33097 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.25 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.193 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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