PDB-3msc: Glycogen phosphorylase complexed with 2-nitrobenzaldehyde-4-(beta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3msc

タイトル

Glycogen phosphorylase complexed with 2-nitrobenzaldehyde-4-(beta-D-glucopyranosyl)-thiosemicarbazone

要素

Glycogen phosphorylase, muscle form

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Glycogenolysis / type 2 diabetes / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.951 Å

データ登録者

Alexacou, K.-M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: The binding of beta-d-glucopyranosyl-thiosemicarbazone derivatives to glycogen phosphorylase: A new class of inhibitors.
著者: Alexacou, K.M. / Tenchiu Deleanu, A.C. / Chrysina, E.D. / Charavgi, M.D. / Kostas, I.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Leonidas, D.D.

履歴

登録	2010年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3msc.cif.gz	183.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3msc.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3msc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3msc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3msc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mqfC 3mrtC 3mrvC 3mrxC 3ms2C 3ms4C 3ms7C 3mt7C 3mt8C 3mt9C 3mtaC 3mtbC 3mtdC 3nc4C 2prjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3l79-1 5o52-1 1kti-3 1ww3-1 3zcp-1 2f3u-1 5ox1-1 3ebp-1 5o56-1 3t3e-1 3s0j-1 3ms4-1 3mrx-1 3mrt-1 3bd7-1 2pyi-1 4yua-1 3l7d-1 3zcr-1 5jtu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

98.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
197 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.636, 128.636, 116.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1136- HOH

#1: タンパク質	Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 糖	ChemComp-24S / N-({(2Z)-2-[(2-nitrophenyl)methylidene]hydrazino}carbonothioyl)-beta-D-glucopyranosylamine / 2-nitrobenzaldehyde-4-(beta-D-glucopyranosyl) thiosemicarbazone / N-({(2Z)-2-[(2-nitrophenyl)methylidene]hydrazino}carbonothioyl)-beta-D-glucosylamine / N-({(2Z)-2-[(2-nitrophenyl)methylidene]hydrazino}carbonothioyl)-D-glucosylamine / N-({(2Z)-2-[(2-nitrophenyl)methylidene]hydrazino}carbonothioyl)-glucosylamine タイプ: D-saccharide / 分子量: 386.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₄O₇S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: 20 mg/ml of protein in a buffer solution containing 10 mM BES pH 6.7, 1 mM EDTA and 3 mM DTT. 5mM inhibitor in 20% DMSO soaked with native crystal for 18 hrs, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 58302 / Num. obs: 58302 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.76
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 31.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CNS		精密化
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2PRJ

2prj

解像度: 1.951→29.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.971 / SU ML: 0.11 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21433	2961	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18256	-	-	-
obs	0.18417	55313	81.72 %	-
all	-	55313	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.951→29.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6604	0	52	297	6953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6831
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.156	1.96	9254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.327	5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.159	23.543	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.043	15	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.357	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.594	1.5	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.15	2	6531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.696	3	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.921	4.5	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	69	-
R_work	0.29	1626	-
obs	-	-	32.91 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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