PDB-3mru: Crystal Structure of Aminoacylhistidine Dipeptidase from Vibrio a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mru

タイトル

Crystal Structure of Aminoacylhistidine Dipeptidase from Vibrio alginolyticus

要素

Aminoacyl-histidine dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HOMODIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-His dipeptidase / dipeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio alginolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Chang, C.-Y. / Hsieh, Y.-C. / Wu, T.-K. / Chen, C.-J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and mutational analysis of aminoacylhistidine dipeptidase from vibrio alginolyticus reveal a new architecture of M20 metallopeptidases
著者: Chang, C.-Y. / Hsieh, Y.-C. / Wang, T.-Y. / Chen, Y.-C. / Wang, Y.-K. / Chiang, T.-W. / Chen, Y.-J. / Chang, C.-H. / Chen, C.-J. / Wu, T.-K.

履歴

登録	2010年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mru.cif.gz	195 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mru.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/3mru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/3mru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qyvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3b8g-d 2r8v-d 4e2j-d 6fjw-1 4rnf-d 4jb4-d 3m7i-d 5k9z-2 6eu9-2 5k6e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aminoacyl-histidine dipeptidase

B: Aminoacyl-histidine dipeptidase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminoacyl-histidine dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminoacyl-histidine dipeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.407, 80.407, 303.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Aminoacyl-histidine dipeptidase / Xaa-His dipeptidase 分子量: 53632.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア) プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q2LD50, Xaa-His dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28%(v/v) PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M HEPES-Na buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL12B2	1	1
シンクロトロン	NSRRC	BL13B1	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4r	1	CCD	2006年8月21日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年4月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→30 Å / Num. obs: 21851 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.6

反射シェル

解像度: 3→3.14 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 5431 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1.21	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QYV

2qyv

解像度: 3→27.57 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: Refmac was also used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	2174	9.8 %	RANDOM
R_work	0.231	19669	-	-
obs	-	21843	98.9 %	-

溶媒の処理

B_sol: 75.712 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 398.37 Å² / B_iso mean: 86.164 Å² / B_iso min: 22.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.608 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.608 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→27.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7526	0	4	0	7530

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:ion.param

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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