[日本語] English
万見
- PDB-3mqy: SgrAI with cleaved DNA and Magnesium bound -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mqy
タイトルSgrAI with cleaved DNA and Magnesium bound
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
  • SgraIR restriction enzyme
キーワードHYDROLASE/DNA / RESTRICTION ENZYME-DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #10 / Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / SgraIR restriction enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dunten, P.W. / Horton, N.C. / Little, E.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: New clues in the allosteric activation of DNA cleavage by SgrAI: structures of SgrAI bound to cleaved primary-site DNA and uncleaved secondary-site DNA.
著者: Little, E.J. / Dunten, P.W. / Bitinaite, J. / Horton, N.C.
履歴
登録2010年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SgraIR restriction enzyme
B: SgraIR restriction enzyme
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,97512
ポリマ－86,8296
非ポリマー1466
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area29990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.163, 119.980, 69.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 SgraIR restriction enzyme


分子量: 37941.906 Da / 分子数: 2 / 変異: N63D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COEXPRESSED WITH MSPI METHYLTRANSFERASE FROM PBAKMSPIM
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: sgraIR / プラスミド: PET21A_SGRAIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9F6L0, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*CP*A)-3')


分子量: 2122.424 Da / 分子数: 2 / Fragment: CLEAVED PRIMARY SITE DNA, 5-PRIME FRAGMENT / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3350.185 Da / 分子数: 2 / Fragment: CLEAVED PRIMARY SITE DNA, 3-PRIME FRAGMENT / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, NACL, HEPES BUFFER, MGCL2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NACL11
3HEPES11
4MGCL211
5PEG 400012
6NACL12
7HEPES12
8MGCL212

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.976067 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 62914 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10.16
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0031精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DW9

3dw9


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.103 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24933 3189 5.1 %RANDOM
Rwork0.19618 ---
obs0.19886 59724 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å2-0.54 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3---3.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5327 734 6 318 6385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0226311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9722.1078725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09639983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7325682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82323.04273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63415885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.521559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0731.53400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2961.51368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82225478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79732911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2564.53247
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 231 -
Rwork0.336 4397 -
obs--98.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る