[日本語] English
万見
- PDB-3mqp: Crystal Structure of human BFL-1 in complex with NOXA BH3 peptide... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mqp
タイトルCrystal Structure of human BFL-1 in complex with NOXA BH3 peptide, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR2930
要素
  • Bcl-2-related protein A1
  • Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
キーワードAPOPTOSIS / bcl-2 family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to dsRNA / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of glucose metabolic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / mitochondrial fusion ...response to dsRNA / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of glucose metabolic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / proteasomal protein catabolic process / cellular response to glucose starvation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway / reactive oxygen species metabolic process / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / channel activity / cellular response to hypoxia / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Bcl-2-related protein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Guan, R. / Xiao, R. / Zhao, L. / Acton, T.B. / Gelinas, C. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of human BFL-1 in complex with NOXA BH3 peptide
著者: Guan, R. / Xiao, R. / Zhao, L. / Acton, T.B. / Gelinas, C. / Montelione, G.T.
履歴
登録2010年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1
B: Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6122
ポリマ－21,6122
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.138, 43.196, 46.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Protein BFL-1 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein GRS


分子量: 18628.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q16548
#2: タンパク質・ペプチド Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / PMA-induced protein 1 / Immediate-early-response protein APR / Protein Noxa


分子量: 2983.468 Da / 分子数: 1 / Fragment: NOXA BH3 peptide, residues 19-43 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in humans. Peptide was synthesized from a commercial peptide synthesis service.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13794
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 1.5 M Sodium Malonate, 0.1 M sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→30.3 Å / Num. all: 7559 / Num. obs: 7385 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 45.125 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique all: 643 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_377精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I1H

3i1h


解像度: 2.24→30.3 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 715 10.14 %5% reflections
Rwork0.177 ---
obs0.182 7049 91.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.987 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→30.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1424 0 0 29 1453

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る