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- PDB-3mq1: Crystal Structure of Dust Mite Allergen Der p 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mq1
タイトルCrystal Structure of Dust Mite Allergen Der p 5
要素Mite allergen Der p 5
キーワードALLERGEN / DUST MITE
機能・相同性Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #970 / Mite allergen, group 5/21 / Mite allergen, group 5/21 superfamily / Mite allergen Blo t 5 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Mite allergen Der p 5
機能・相同性情報
生物種Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mueller, G.A. / Gosavi, R.A. / Krahn, J.M. / Edwards, L.L. / Cuneo, M.J. / Glesner, J. / Pomes, A. / Chapman, M.D. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Der p 5 crystal structure provides insight into the group 5 dust mite allergens.
著者: Mueller, G.A. / Gosavi, R.A. / Krahn, J.M. / Edwards, L.L. / Cuneo, M.J. / Glesner, J. / Pomes, A. / Chapman, M.D. / London, R.E. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mite allergen Der p 5
B: Mite allergen Der p 5
C: Mite allergen Der p 5
D: Mite allergen Der p 5
E: Mite allergen Der p 5
F: Mite allergen Der p 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,97241
ポリマ－72,8596
非ポリマー4,11335
水81145
1
E: Mite allergen Der p 5
F: Mite allergen Der p 5
ヘテロ分子

A: Mite allergen Der p 5
B: Mite allergen Der p 5
C: Mite allergen Der p 5
D: Mite allergen Der p 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,97241
ポリマ－72,8596
非ポリマー4,11335
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_665-x+3/2,-y+1,z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23650 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
2
A: Mite allergen Der p 5
B: Mite allergen Der p 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,50821
ポリマ－24,2862
非ポリマー2,22219
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
3
C: Mite allergen Der p 5
D: Mite allergen Der p 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,46812
ポリマ－24,2862
非ポリマー1,18210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
4
E: Mite allergen Der p 5
F: Mite allergen Der p 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9958
ポリマ－24,2862
非ポリマー7096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.780, 96.570, 167.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Mite allergen Der p 5 / Allergen Der P V / IgE-binding allergen


分子量: 12143.111 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 34-132 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
遺伝子: DERP5 / プラスミド: PGEX4T3(tev) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P14004
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 31.5% MPD, 90 mM Na/K phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月8日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: VariMaxHF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 19292 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1883 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.8→33.598 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 822 4.84 %Random
Rwork0.2259 ---
obs0.2287 16987 87.22 %-
all-19292 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.539 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4624 0 250 45 4919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0014942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3076661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7841836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.97560.31061110.25892198X-RAY DIFFRACTION73
2.9756-3.20510.3241310.25662380X-RAY DIFFRACTION79
3.2051-3.52740.32531320.22352719X-RAY DIFFRACTION89
3.5274-4.03710.26051240.20892921X-RAY DIFFRACTION94
4.0371-5.08340.23661580.18632922X-RAY DIFFRACTION94
5.0834-33.60030.27551660.243025X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined4.2871-0.42630.10733.5666-0.13232.3081-0.099-0.00030.6388-0.26410.0947-0.0854-0.24980.0565-0.0174-0.084-0.00260.06620.0458-0.06050.094843.221156.238255.6252
23.426-0.45930.12543.3812-1.71683.26070.0292-0.42951.04830.7659-0.06260.1789-0.6572-0.0374-0.0216-0.0020.0670.06820.0268-0.21150.5021
31.9801-0.5347-1.0923.14270.54942.48450.3436-0.65340.6169-0.23590.2768-0.0668-0.90330.7180.00340.4151-0.35210.19440.5036-0.36330.2919
43.0705-0.7673-1.43252.12171.76293.76090.0597-0.84690.42130.5710.31250.16360.20860.2652-0.00050.3694-0.09230.09450.5319-0.1660.1317
52.8838-0.0025-0.70871.2466-0.6822.90180.36590.49220.5130.08530.1773-0.3410.89760.86580.00220.58750.2199-0.09670.5197-0.01410.3638
61.5375-0.09851.74940.63530.20452.49020.05770.30380.6817-0.11370.18840.0371-0.64560.8039-00.6191-0.1687-0.01740.45240.10710.8005
精密化 TLSグループSelection details: chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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