PDB-3mq0: Crystal Structure of Agobacterium tumefaciens repressor BlcR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mq0

タイトル

Crystal Structure of Agobacterium tumefaciens repressor BlcR

要素

Transcriptional repressor of the blcABC operon

キーワード

Transcription repressor / helix-turn-helix / GAF fold

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SAD/SIR / 解像度: 1.793 Å

データ登録者

Chen, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Agrobacterium tumefaciens Transcription Factor BlcR Is Regulated via Oligomerization.
著者: Pan, Y. / Fiscus, V. / Meng, W. / Zheng, Z. / Zhang, L.H. / Fuqua, C. / Chen, L.

履歴

登録	2010年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mq0.cif.gz	202.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mq0.ent.gz	164.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mq0_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mq0_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	3mq0_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	3mq0_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3i0a-d 3k3l-d 1l6m-d 3fw4-d 3hwf-d 1x89-d 3ped-d 4zfx-d 4zhd-d 3cbc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional repressor of the blcABC operon

B: Transcriptional repressor of the blcABC operon

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.155, 74.773, 141.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcriptional repressor of the blcABC operon 分子量: 29814.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: A6 / 遺伝子: AGR_pAT_196, attJ, Atu5136, blcR / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8VPD8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional repressor of the blcABC operon

分子量: 29814.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: A6 / 遺伝子: AGR_pAT_196, attJ, Atu5136, blcR / プラスミド: pGEX / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8VPD8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 9% PEG400, 30 mM MgCl2, 30 mM MES, pH5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00826 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日詳細: osenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00826 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 51988 / Num. obs: 48827 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique all: 5108 / % possible all: 71.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: SAD/SIR / 解像度: 1.793→26.518 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 20.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2183	1892	4.1 %	random
R_work	0.1871	-	-	-
obs	0.1884	46106	88.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.303 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5589 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.1889 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.793→26.518 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3708	0	0	378	4086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	5134
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.562	1395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	669

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7934-1.8383	0.2593	85	0.2259	2119	X-RAY DIFFRACTION	60
1.8383-1.8879	0.2537	105	0.2147	2446	X-RAY DIFFRACTION	70
1.8879-1.9435	0.2571	113	0.204	2524	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9435-2.0062	0.2201	126	0.2035	2884	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0062-2.0779	0.2429	135	0.2006	3051	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0779-2.161	0.2245	144	0.1868	3246	X-RAY DIFFRACTION	92
2.161-2.2593	0.2291	137	0.1755	3315	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2593-2.3784	0.2121	141	0.1764	3366	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3784-2.5273	0.2453	145	0.1854	3414	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5273-2.7222	0.223	144	0.1883	3471	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7222-2.9958	0.2304	151	0.1937	3518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9958-3.4286	0.2247	155	0.1873	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4286-4.3166	0.1807	155	0.1622	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3166-26.521	0.2039	156	0.189	3666	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9971	-1.0485	0.0437	1.2392	0.2197	0.4171	0.053	0.1731	0.302	0.1322	0.0563	-0.3011	-0.0722	0.062	-0	0.0968	-0.0287	-0.0143	0.1811	-0.038	0.1804	-26.1333	40.5291	38.9088
2	0.4115	0.0627	-0.0802	0.3711	-0.2943	0.3711	-0.0082	0.0887	-0.3888	0.5506	0.2646	-0.7347	0.0113	0.2508	-0.0001	0.175	0.0371	-0.064	0.2479	-0.0414	0.2704	-23.4833	31.8858	40.3728
3	0.5935	-0.8129	0.7808	1.4981	-0.2342	1.0349	0.2633	0.3094	-0.4802	-0.1096	-0.0456	0.076	0.1141	0.1494	0.0036	0.0948	0.0125	0.0299	0.1926	-0.0364	0.0856	-38.1807	32.4269	26.1271
4	1.985	-0.0527	-0.4923	2.6038	0.8972	1.4977	0.0286	0.028	0.0155	-0.3377	-0.1823	0.3556	-0.3927	-0.0953	-0.0007	0.2203	0.0442	-0.0092	0.0666	-0.042	0.1765	-55.72	42.1038	4.5625
5	0.8871	0.6237	-0.6845	1.825	1.0418	2.4019	0.1084	0.0098	0.2799	-0.5554	-0.1859	0.2915	-0.5364	-0.0717	0.0004	0.3277	0.0617	-0.0336	0.1082	-0.0183	0.2549	-54.4466	48.7669	7.216
6	0.7607	0.0962	0.1271	0.8269	0.222	0.5622	-0.1443	-0.7705	0.6678	0.287	-0.0845	-0.3517	-0.4851	0.097	0.0109	0.2948	0.0239	-0.0028	0.1137	-0.0915	0.3137	-51.1768	50.462	18.115
7	1.6425	0.3845	-0.8773	1.7739	-0.3513	1.5882	0.0133	0.168	-0.1358	0.0708	-0.0418	0.0401	0.1279	-0.2199	0.0001	0.0575	-0.0079	-0.0151	0.1078	-0.021	0.1437	-41.02	29.403	36.1806
8	2.3032	1.2309	0.5492	1.9077	0.8058	1.0859	0.1221	-0.1679	0.0573	0.0974	-0.0788	-0.0647	-0.1849	0.1621	0.0099	0.151	-0.0278	-0.0154	0.135	-0.0182	0.0989	-8.2884	20.9081	19.9649
9	0.122	-0.1153	0.1738	1.0898	0.4224	0.9299	-0.0146	0.1296	0.0555	-0.2636	-0.0361	0.1425	-0.1216	0.1034	-0.0002	0.1774	-0.0226	-0.0127	0.164	-0.0213	0.066	-13.4802	16.5878	3.7963
10	0.574	0.3385	0.5428	0.4428	-0.0173	0.9394	0.1867	0.1284	-0.3866	-0.1529	-0.0274	-0.1605	0.2035	0.1793	0.0018	0.1353	0.0298	-0.0207	0.1439	-0.0474	0.0821	-11.5366	6.956	5.6821
11	0.9372	1.0284	0.3284	1.2164	-0.0806	1.6359	0.0684	0.1423	-0.1103	-0.1088	-0.1158	-0.1106	-0.0372	0.1007	-0.0001	0.0792	0.0134	-0.0098	0.1083	-0.0075	0.0392	-10.4632	14.0899	15.5977
12	0.8426	0.4368	0.2879	1.0156	-0.5697	0.7047	0.0635	-0.3579	-0.1607	0.1478	0	0.2245	0.1049	-0.0237	0.0105	0.1422	-0.0191	0.0172	0.1329	0.0022	0.0842	-16.537	11.6061	23.3744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 22:56)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 57:77)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 78:111)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 112:195)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 196:244)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 245:271)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 23:100)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 101:145)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 146:181)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 182:214)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 215:244)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 245:272)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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