[日本語] English
万見
- PDB-3mpy: Structure of EUTM in 2-D protein membrane -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mpy
タイトルStructure of EUTM in 2-D protein membrane
要素Ethanolamine utilization protein eutM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bacterial microcompartment / shell protein / ethanolamine ammonia lyase / carboxysome
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / protein hexamerization / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein EutM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sagermann, M. / Takenoya, M. / Nikolakakis, K.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic insights into the pore structures and mechanisms of the EutL and EutM shell proteins of the ethanolamine-utilizing microcompartment of Escherichia coli.
著者: Takenoya, M. / Nikolakakis, K. / Sagermann, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the EutL shell protein of the ethanolamine ammonia lyase microcompartment.
著者: Sagermann, M. / Ohtaki, A. / Nikolakakis, K.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein eutM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8993
ポリマ－10,7061
非ポリマー1922
水724
1
A: Ethanolamine utilization protein eutM
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,39118
ポリマ－64,2396
非ポリマー1,15312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area13250 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.164, 69.164, 28.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-104-

SO4

21A-200-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Ethanolamine utilization protein eutM


分子量: 10706.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2457, cchA, eutM, JW2441, yffZ / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P0ABF4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2 M ammoniumsulfate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日 / 詳細: Rh coated flat mirror.
放射モノクロメーター: SI 111 (side scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.815
11-H-K, K, -L20.185
反射解像度: 2→17.3 Å / Num. obs: 4477 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 20.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2A1B (RESIDUES 2-90)

2a1b


解像度: 2→17.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 11.144 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DATA SET WAS TWINNED AND REFINEMENT WAS CARRIED OUT ACCORDINGLY WITH THE PROGRAM REFMAC. OCCUPANCIES OF THE SULFATES ARE LESS THAN ONE DUE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DATA SET WAS TWINNED AND REFINEMENT WAS CARRIED OUT ACCORDINGLY WITH THE PROGRAM REFMAC. OCCUPANCIES OF THE SULFATES ARE LESS THAN ONE DUE TO THEIR SPECIAL POSITIONS. THE N-TERMINAL METHIONINE AND THE HIS-TAGS WERE NOT VISIBLE IN THE DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28277 192 4.2 %RANDOM
Rwork0.22415 ---
obs0.22641 4392 83.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.223 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→17.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数678 0 10 4 692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.022691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4592.001933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88431571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.895595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.29924.09122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.73815119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.199155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1531.5470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2341.5203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0432742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0723221
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1784.5191
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 16 -
Rwork0.221 394 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る