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- PDB-3mom: Structure of holo HasAp H32A mutant complexed with imidazole from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mom
タイトルStructure of holo HasAp H32A mutant complexed with imidazole from Pseudomonas aeruginosa to 2.25A Resolution
要素Heme acquisition protein HasAp
キーワードHEME BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / hemophore / heme transport / H32A mutant / imidazole complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Heme acquisition protein HasAp / Heme acquisition protein HasAp
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Jepkorir, G. / Rodriguez, J.C. / Rui, H. / Im, W. / Alontaga, A.Y. / Yukl, E. / Moenne-Loccoz, P. / Rivera, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Structural, NMR Spectroscopic, and Computational Investigation of Hemin Loading in the Hemophore HasAp from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Jepkorir, G. / Rodriguez, J.C. / Rui, H. / Im, W. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Alontaga, A.Y. / Yukl, E.T. / Rivera, M.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heme acquisition protein HasAp
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1097
ポリマ－37,6692
非ポリマー1,4405
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
2
A: Heme acquisition protein HasAp
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子

A: Heme acquisition protein HasAp
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,21814
ポリマ－75,3384
非ポリマー2,88010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9510 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area27690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.373, 46.378, 81.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.100, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Heme acquisition protein HasAp


分子量: 18834.467 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-184 / 変異: H32A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: hasAp, PA14_20020 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: Q02QP5, UniProt: G3XD33*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM imidazole, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月18日 / 詳細: Osmic Blue mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 16389 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 2.296 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.332.60.53515481.64591.8
2.33-2.422.80.50915861.56795
2.42-2.532.80.44716321.68697
2.53-2.672.90.36116481.66197.3
2.67-2.832.90.25416291.86897.8
2.83-3.0530.20316552.05497.6
3.05-3.3630.13716502.4496.9
3.36-3.852.90.09516583.0297.6
3.85-4.842.90.07216663.39697.4
4.84-302.90.05617173.29897.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.66 Å26.69 Å
Translation2.66 Å26.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MOK

3mok


解像度: 2.25→24.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.719 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 821 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.217 16271 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.12 Å2 / Biso mean: 42.309 Å2 / Biso min: 24.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.09 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 101 64 2693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6172.0423706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96333989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4195347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75125.294102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45415341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.356152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.51717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1591.5734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01922709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8893983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7924.5997
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.3080.417510.3631067122491.34
2.308-2.3710.307600.2931101122494.853
2.371-2.4390.412620.2751012114393.963
2.439-2.5130.29550.2521038111498.115
2.513-2.5950.336560.2281008110596.29
2.595-2.6850.302380.231993105098.19
2.685-2.7850.277560.234955103697.587
2.785-2.8970.298540.24190298397.253
2.897-3.0240.311430.22488794698.309
3.024-3.1690.313450.22684992596.649
3.169-3.3370.278390.22579886297.1
3.337-3.5360.3330.21276581498.034
3.536-3.7740.195450.19571077397.671
3.774-4.0690.191300.19666671896.936
4.069-4.4450.281360.1861867197.466
4.445-4.9490.196350.17156861997.415
4.949-5.6770.288320.1949553997.774
5.677-6.8620.243280.2143347597.053
6.862-9.3490.192120.17336238198.163
9.349-24.6450.204110.17522324495.902
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9903-0.17080.27332.75830.34581.60140.01680.23630.0914-0.299-0.08640.0077-0.2053-0.07530.06960.09480.01760.05580.0712-0.0230.11623.2667-4.5872-18.686
20.906-1.5213-0.10872.89381.2213.1967-0.00240.1070.2997-0.1183-0.0757-0.4634-0.23340.37540.07810.1848-0.05230.03670.16130.01360.209810.252314.0964-12.7523
32.5895-0.8691-0.35241.52580.47650.1549-0.01730.09690.0446-0.09620.01590.0202-0.0340.01140.00140.0558-0.01050.01510.0519-0.00710.07499.11826.6389-9.0585
44.9653-6.88691.723110.2853-1.72482.2522-0.02590.13650.0746-0.2506-0.0479-0.1175-0.1456-0.21790.07380.1443-0.06980.04410.2382-0.04220.122111.07151.5203-22.067
52.0682-1.7309-1.05113.71121.45761.1884-0.1477-0.12120.0650.0770.1264-0.02490.04920.12360.02130.0613-0.02390.02720.0483-0.01160.068915.71461.6897-3.9448
613.1563-0.2553-7.57488.9299-10.524117.1223-0.3064-0.0308-0.5365-0.1519-0.3018-0.26910.36260.33740.60820.1166-0.0308-0.00750.0724-0.05340.133121.7138-14.2824-5.2719
73.6156-0.09950.50917.6307-1.4068.4899-0.07570.1233-0.3201-0.1761-0.11630.05730.2723-0.23280.1920.0613-0.00410.06860.0945-0.0230.113623.1403-15.2259-15.1388
80.7077-0.81571.40464.6997-2.75153.15530.07820.2177-0.1273-0.32320.0451-0.15930.27020.3474-0.12320.116-0.00780.04580.162-0.05390.1223-11.109529.7606-34.5393
90.0202-0.190.07884.2752-3.86344.22990.00670.0444-0.0501-0.1895-0.01080.29690.0818-0.35640.00410.13970.02440.00980.1807-0.13660.1698-3.130417.3966-17.5788
100.7073-0.92680.48321.9154-1.72374.58970.0190.16160.01810.0545-0.1246-0.20060.12020.21940.10560.0658-0.0058-0.0070.1132-0.02330.1354-1.273525.9392-16.9146
111.19970.3433-1.77660.9983-0.62022.6606-0.2042-0.36610.12170.03580.2632-0.53170.32290.5601-0.0590.21220.0538-0.10130.4824-0.15430.40950.32627.8944-26.5918
122.0522-2.14051.59092.5249-2.61784.5344-0.1359-0.1348-0.08990.19070.10720.0827-0.1778-0.11850.02870.1041-0.05820.02380.0921-0.0270.0934-10.656929.5368-16.1284
134.57780.80120.27180.350.68576.49030.04550.31580.53380.0524-0.11180.1493-0.3920.15080.06630.1462-0.0596-0.00180.19980.00240.1775-14.109842.4226-29.0581
1410.72650.0852-0.50322.7179-2.91483.14730.29530.9357-0.0060.0081-0.6373-0.3189-0.01070.69120.3420.1595-0.00420.01850.339-0.02460.1505-7.656938.2822-39.8793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3A52 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4A94 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5A117 - 152
6X-RAY DIFFRACTION6A153 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7A161 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 27
9X-RAY DIFFRACTION9B28 - 48
10X-RAY DIFFRACTION10B49 - 94
11X-RAY DIFFRACTION11B95 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12B126 - 148
13X-RAY DIFFRACTION13B149 - 167
14X-RAY DIFFRACTION14B168 - 183

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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