+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mnx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Investigation of global and local effects of radiation damage on porcine pancreatic elastase. Fourth stage of radiation damage | ||||||
![]() | Chymotrypsin-like elastase family member 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / radiation damage / disulfide bridge / atomic resolution | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petrova, T. / Ginell, S. / Kim, Y. / Joachimiak, G. / Joachimiak, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray-induced deterioration of disulfide bridges at atomic resolution. 著者: Petrova, T. / Ginell, S. / Mitschler, A. / Kim, Y. / Lunin, V.Y. / Joachimiak, G. / Cousido-Siah, A. / Hazemann, I. / Podjarny, A. / Lazarski, K. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 107.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mnbC ![]() 3mncC ![]() 3mnsC ![]() 3mo3C ![]() 3mo6C ![]() 3mo9C ![]() 3mocC ![]() 3mtyC ![]() 3mu0C ![]() 3mu1C ![]() 3mu4C ![]() 3mu5C ![]() 3mu8C ![]() 3oddC ![]() 3odfC ![]() 1gvkS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: The initial concentration of the protein was 10 mg/ml in water. The reservoir contained 25 mM Na2SO4, pH = 8.2. The cryo-solution contained 25 mM Na2SO4 and 25% glycerol , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: The initial concentration of the protein was 10 mg/ml in water. The reservoir contained 25 mM Na2SO4, pH = 8.2. The cryo-solution contained 25 mM Na2SO4 and 25% glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月26日 詳細: 1.02-M FLAT MIRROR MADE OF ZERODUR PROVIDING VERTICAL FOCUSING AND REJECTION OF HARMONIC CONTAMINATION |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR UTILIZING A SI-111 AND SAGITAL HORIZONTAL FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 43146 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.88 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique all: 2141 / % possible all: 99.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GVK 解像度: 1.386→9.835 Å / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 12.07 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 78.348 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.386→9.835 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|