PDB-3mmt: Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Bartonel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mmt

タイトル

Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Bartonella henselae, bound to fructose bisphosphate

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / ALDOLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of fructose bisphosphate aldolase from Bartonella henselae bound to fructose 1,6-bisphosphate.
著者: Gardberg, A. / Abendroth, J. / Bhandari, J. / Sankaran, B. / Staker, B.

履歴

登録	2010年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2016年4月20日	Group: Other
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mmt.cif.gz	515.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mmt.ent.gz	427.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kx6S 3mbd 3mbf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d2j-1 6rng-1 7ka3-d 6rng-2 1xfb-2 2quv-d 5tlw-d 1epx-d 3dfo-d 1qo5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.00926.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.390, 127.710, 157.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	B
1	3	C
1	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: 2FP / End label comp-ID: 2FP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 0 - 350 / Label seq-ID: 4

Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - E
2	B	B - F
3	C	C - G
4	D	D - H

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase 分子量: 37556.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 遺伝子: BH15060, fbab, HM-1:IMSS / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8L207, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 糖	ChemComp-2FP / 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM) タイプ: saccharide / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M NAOAC, 0.1 M TRIS PH 8.5, 30% PEG 4000, protein AT 21 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月2日

放射

モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9774	1
2	0.9774	1

反射

解像度: 2.35→47.89 Å / Num. all: 61687 / Num. obs: 61670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.099

反射シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4533 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KX6

3kx6

解像度: 2.35→47.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 13.532 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	3122	5.1 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
all	0.179	61687	-	-
obs	0.179	61429	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10241	0	76	498	10815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	10513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.18	1.968	14262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	17129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.775	5	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.787	23.724	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.706	15	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.287	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.403	1.5	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.102	1.5	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.769	2	10782
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.352	3	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.281	4.5	3475
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 4167 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.37	0.5
2	B	medium positional	0.31	0.5
3	C	medium positional	0.3	0.5
4	D	medium positional	0.33	0.5
1	A	medium thermal	0.43	2
2	B	medium thermal	0.45	2
3	C	medium thermal	0.36	2
4	D	medium thermal	0.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	242	-
R_work	0.233	4259	-
obs	-	4501	99.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9127	0.0797	-0.7033	0.7908	-0.0726	2.0592	0.0261	0.1203	0.0688	-0.2888	0.0226	0.1227	-0.54	-0.0261	-0.0487	0.3293	-0.0137	-0.0542	0.062	0.0037	0.06	14.8932	16.1756	-2.7154
2	0.8338	0.0461	-0.1023	1.5367	0.3275	1.8661	-0.0309	-0.0015	0.181	-0.1793	-0.0034	0.173	-0.6844	-0.0372	0.0343	0.339	0.0115	-0.053	0.0362	0.0027	0.1107	13.1436	23.7718	11.1042
3	1.3057	0.5604	0.331	0.7854	0.1558	0.5865	0.0167	-0.1076	0.0914	0.0821	-0.0485	0.0482	-0.08	-0.048	0.0318	0.0338	-0.0207	0.0096	0.071	-0.024	0.0419	30.6501	20.8841	52.1771
4	0.9731	0.3093	0.419	0.8002	0.1648	0.7711	-0.0046	0.1296	-0.0286	-0.1161	0.0197	-0.0887	-0.0886	0.0788	-0.0151	0.0429	-0.0306	0.0251	0.0908	-0.0206	0.0626	33.888	16.1047	37.7094
5	0.9025	0.0606	-0.1775	0.8977	-0.4722	1.5071	0.0529	-0.1257	0.0221	0.1875	-0.0526	0.0637	0.0273	-0.1062	-0.0003	0.0654	-0.0578	0.0286	0.1093	-0.049	0.0326	1.3889	-1.5752	61.1779
6	0.8497	-0.1115	0.1781	1.0317	0.1063	0.8051	0.0308	-0.028	0.0049	0.0517	-0.0904	0.1609	0.0323	-0.1279	0.0597	0.0166	-0.041	0.0236	0.1119	-0.0537	0.0878	-6.5691	-1.7287	47.5027
7	0.6003	0.2264	-0.0974	1.4343	0.3419	1.4687	-0.0598	0.1305	0.0507	-0.2016	0.0112	0.1431	0.0759	-0.2089	0.0486	0.0545	-0.0084	-0.035	0.0918	0.0012	0.0383	0.3951	-17.5001	5.6469
8	0.5848	0.3451	0.0156	1.4481	0.1143	1.1548	-0.0296	-0.0553	-0.0456	0.0118	0.002	-0.0295	0.1109	-0.0267	0.0275	0.0135	0.0054	0.0018	0.0457	0.0095	0.0461	6.0367	-19.7985	20.043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	128 - 338
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	128 - 338
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	128 - 339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	128 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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