PDB-3mmk: The structural basis for partial redundancy in a class of transcr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mmk

タイトル

The structural basis for partial redundancy in a class of transcription factors, the lim-homeodomain proteins, in neural cell type specification

要素

Fusion of LIM/homeobox protein Lhx4, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Protein-protein complex / LIM domain / Zn finger / DNA-binding / Homeobox / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcriptional regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

visceral motor neuron differentiation / medial motor column neuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / neuron fate specification / neuron fate commitment / methyl-CpG binding / motor neuron axon guidance / retinal ganglion cell axon guidance / negative regulation of neuron differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.157 Å

データ登録者

Gadd, M.S. / Langley, D.B. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The structural basis for partial redundancy in a class of transcription factors, the lim-homeodomain proteins, in neural cell type specification.
著者: Gadd, M.S. / Bhati, M. / Jeffries, C.M. / Langley, D.B. / Trewhella, J. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.

履歴

登録	2010年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mmk.cif.gz	127.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mmk.ent.gz	99.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mmk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mmk_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mmk_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	3mmk_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	3mmk_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/3mmk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rgt
類似構造データ	2efn-d 2efo-d 2pmh-d 2e7w-d 2e7x-d 2yx7-d 6cme-1 1hfh-d 6cme-2 2efp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx4, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-2

B: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx4, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-2

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx4, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fusion of LIM/homeobox protein Lhx4, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.823, 88.734, 49.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fusion of LIM/homeobox protein Lhx4, linker, Insulin gene enhancer protein ISL-2 / LIM homeobox protein 4 分子量: 18649.264 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 24-149 AND 272-301 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion of Lhx4 residues 24-149 to Isl2 residues 272-301 via a glycine rich linker with sequence GGSGGHMGSGG 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsh-4, Gsh4, Isl2, Lhx4 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P53776, UniProt: Q9CXV0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FUSION OF LHX4 RESIDUES 24-149 TO ISL2 RESIDUES 272-301 VIA A GLYCINE RICH LINKER WITH SEQUENCE GGSGGHMGSGG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.27 % / 解説: The file contains Friedel pairs.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5M magnesium sulphate, 0.1M MES, 3% (w/v) sucrose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.2819 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.157→50 Å / Num. all: 20403 / Num. obs: 20403 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 52.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.269
反射シェル	解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.458 / R_sym value: 0.473 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.157→23.135 Å / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 32.04 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: The file contains Friedel pairs.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2651	2022	5.16 %	Random
R_work	0.2348	-	-	-
obs	0.2366	20403	97.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.962 Å² / k_sol: 0.409 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8478 Å²	0 Å²	-6.3283 Å²
2-	-	-11.0396 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.1918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.157→23.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2193	0	12	31	2236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.655	3044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.402	730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	400

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1572-2.2111	0.3137	92	0.2938	2315	85
2.2111-2.2708	0.385	128	0.3042	2599	95
2.2708-2.3376	0.3109	144	0.2976	2663	98
2.3376-2.4129	0.3223	175	0.2692	2644	100
2.4129-2.4991	0.2823	147	0.274	2726	99
2.4991-2.599	0.3199	139	0.2469	2754	100
2.599-2.7171	0.3032	132	0.2667	2668	100
2.7171-2.8601	0.2689	142	0.2773	2738	100
2.8601-3.0389	0.2974	176	0.2564	2671	100
3.0389-3.273	0.3205	130	0.268	2719	100
3.273-3.6013	0.3238	153	0.2093	2725	99
3.6013-4.1198	0.1998	144	0.1937	2668	99
4.1198-5.1809	0.1941	138	0.1749	2691	98
5.1809-23.1362	0.2191	182	0.2208	2588	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2524	0.4456	-0.42	0.6582	0.2291	-0.079	0.1213	0.1139	0.3795	-0.1799	0.1433	0.0058	0.3351	0.2017	-0.0001	0.5054	0.0325	-0.1573	0.4533	-0.0643	0.5428	36.3116	81.2505	41.2282
2	0.0689	0.4065	-0.3107	-0.0044	0.0254	0.1697	-0.3959	-0.0965	0.1814	-0.0775	0.1777	-0.0946	0.6173	0.2711	-0.0002	0.7254	-0.0483	-0.1908	0.4858	-0.0431	0.5237	31.2681	72.4765	29.4301
3	0.6168	-0.4263	-1.1671	1.8383	1.6157	2.0895	0.0327	-0.0519	-0.167	-0.3503	0.0791	0.1377	-0.5941	0.1986	0.0001	0.4	-0.0668	-0.0611	0.4052	0.0089	0.3447	15.462	53.7313	34.4046
4	0.109	0.7194	-0.7881	0.1282	-0.0066	0.1437	0.1032	-0.2407	0.8574	0.3411	0.4948	0.5021	0.6481	-0.4869	-0.0062	0.4832	-0.0159	-0.0091	0.6215	-0.1967	0.7322	26.5178	80.3183	42.6891
5	0.0974	0.8123	0.0083	0.6775	0.9743	-0.3065	0.2148	0.1038	-0.0491	0.0874	-0.0198	0.0915	-0.3435	0.2754	0.0001	0.5237	-0.0015	0.1249	0.3821	-0.0372	0.5325	10.9619	23.3734	55.5941
6	0.9729	1.1158	0.3625	0.4928	0.5547	1.4096	-0.0174	0.0354	0.1741	0.165	0.0298	0.1165	0.5008	0.0159	0.0004	0.3636	0.0427	0.0521	0.3505	-0.0205	0.3262	-7.6204	47.6809	58.7592
7	-0.3775	-0.4862	0.3158	0.2737	-0.6239	0.3295	0.1488	0.3858	0.1933	-0.4065	0.141	-0.0244	-0.3105	-0.5834	0.0001	0.6134	0.1189	-0.0053	0.6437	-0.0866	0.5357	4.101	19.2126	47.1196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 26:61)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 62:86)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 87:286)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 287:299)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 26:85)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 86:285)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 286:301)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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