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- PDB-3mlm: Crystal structure of Bn IV in complex with myristic acid: A Lys49... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlm
タイトルCrystal structure of Bn IV in complex with myristic acid: A Lys49 myotoxic phospholipase A2 from Bothrops neuwiedi venom
要素BN-IV Lys-49 Phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / Myotoxin / phospholipase-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Basic phospholipase A2 homolog BnSP-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops neuwiedi pauloensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S. / Toyama, M.H. / Toyama, D. / Gadelha, C.A.A.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of Bn IV in complex with myristic acid: a Lys49 myotoxic phospholipase A2 from Bothrops neuwiedi venom.
著者: Delatorre, P. / Rocha, B.A. / Santi-Gadelha, T. / Gadelha, C.A. / Toyama, M.H. / Cavada, B.S.
履歴
登録2010年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BN-IV Lys-49 Phospholipase A2
B: BN-IV Lys-49 Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2038
ポリマ－27,3622
非ポリマー8416
水1,54986
1
A: BN-IV Lys-49 Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1024
ポリマ－13,6811
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BN-IV Lys-49 Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1024
ポリマ－13,6811
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.801, 70.466, 44.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer

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要素

#1: タンパク質 BN-IV Lys-49 Phospholipase A2 / Phospholipase A2 homolog / Phospholipase A2 II


分子量: 13681.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: toxin / 由来: (天然) Bothrops neuwiedi pauloensis (ヘビ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q9IAT9, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Buffer Tris 0.1 M pH 8.5, PEG 4000 30%, lithium sulphate 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.423 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.203→41.528 Å / Num. all: 11129 / Num. obs: 10927 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PC9

1pc9


解像度: 2.21→32.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 11.922 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25328 522 4.8 %RANDOM
Rwork0.20506 ---
obs0.20743 10401 96.41 %-
all-11129 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-0.09 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→32.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 52 86 2034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0221996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5792.0072676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5165240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.24723.84678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.8415368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7141510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0211450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3751.5967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.36721546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it53604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5884.5570
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.45831996
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.506386
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.04131948
LS精密化 シェル解像度: 2.206→2.263 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 34 -
Rwork0.201 687 -
obs--86.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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