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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mli | ||||||
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タイトル | 2ouf-ds, a disulfide-linked dimer of Helicobacter pylori protein HP0242 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / unknotted control | ||||||
機能・相同性 | HP0242-like domain / HP0242-like fold / Protein of unknown function DUF2018 / HP0242-like superfamily / Domain of unknown function (DUF2018) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / DUF2018 family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | King, N.P. / Sawaya, M.R. / Jacobitz, A.W. / Yeates, T.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Structure and folding of a designed knotted protein. 著者: King, N.P. / Jacobitz, A.W. / Sawaya, M.R. / Goldschmidt, L. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mli.cif.gz | 155.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mli.ent.gz | 123.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mli.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mli_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mli_full_validation.pdf.gz | 464.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mli_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mli_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mli | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11919.561 Da / 分子数: 4 / 変異: CYS44LEU, LEU93ASN / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The designed gene is a mutant of the Helicobacter pylori gene HP0242 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP_0242 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25025 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8.3% 2-propanol, 0.1 M MES pH 6.0, 0.32 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→80 Å / Num. all: 11588 / Num. obs: 11588 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.02 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.537 / Num. unique all: 1136 / Χ2: 1.355 / % possible all: 98.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OUF 2ouf 解像度: 2.9→50.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 205.4 Å2 / Biso mean: 109.992 Å2 / Biso min: 45.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.683 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.24 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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