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万見
- PDB-3mlg: 2ouf-2x, a designed knotted protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mlg
タイトル2ouf-2x, a designed knotted protein
要素2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242
キーワードDE NOVO PROTEIN / knot / designed protein / fusion protein / chimera protein
機能・相同性Knotted protein, ribbon-helix-helix DNA-binding domain / Protein of unknown function DUF2018 / HP0242-like superfamily / Domain of unknown function (DUF2018) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / metal ion binding / Mainly Alpha / DUF2018 family protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者King, N.P. / Sawaya, M.R. / Jacobitz, A.W. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure and folding of a designed knotted protein.
著者: King, N.P. / Jacobitz, A.W. / Sawaya, M.R. / Goldschmidt, L. / Yeates, T.O.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年7月26日Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / software / struct / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct.pdbx_descriptor / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242
B: 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9242
ポリマ－43,9242
非ポリマー00
水90150
1
A: 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9621
ポリマ－21,9621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9621
ポリマ－21,9621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242

B: 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9242
ポリマ－43,9242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area1220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.942, 75.390, 118.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2X chimera of Helicobacter pylori protein HP0242


分子量: 21961.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The designed gene is a tandem repeat of the Helicobacter pylori gene HP0242
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0242 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25025
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 8% PEG 8000, 0.1 M Na+/K+ phosphate pH 6.2, 0.1 M sodium chloride, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→90 Å / Num. all: 17338 / Num. obs: 17338 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.386.50.4518051.02143.2
2.38-2.4870.48914481.008179
2.48-2.5970.46718440.979199.5
2.59-2.7370.31318480.9471100
2.73-2.970.20918670.953199.9
2.9-3.1270.1318580.9711100
3.12-3.4470.0819011.029199.9
3.44-3.936.80.0718850.971100
3.93-4.956.70.05619341.1731100
4.95-906.20.03719481.032195.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å46.55 Å
Translation3.5 Å46.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000data processing
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OUF

2ouf
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.29→21.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 873 5.06 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.25 17260 --
obs0.25 17260 --
原子変位パラメータBiso max: 170.4 Å2 / Biso mean: 51.514 Å2 / Biso min: 12.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.263 Å20 Å20 Å2
2--4.695 Å20 Å2
3----6.958 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.482 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→21.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2520 0 0 50 2570
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d943SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes350HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2548HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion352SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3128SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2548HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3425HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.88
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.43 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 85 5.21 %
Rwork0.241 1545 -
all0.242 1630 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4759-1.6133-0.62455.7519-2.69548.68760.12020.2502-0.17770.3040.0092-0.00730.38450.0956-0.1294-0.14640.03910.0066-0.1554-0.0042-0.3132-3.6624-7.231111.489
25.26231.51891.61345.7137-1.07617.78670.06330.00890.275-0.5520.00130.0045-0.32760.6878-0.0646-0.1686-0.0936-0.0164-0.12420.0228-0.3142-3.89917.1421-18.0769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|13 - A|181 }A13 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|13 - B|181 }B13 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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