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万見
- PDB-3mla: BaNadD in complex with inhibitor 1_02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mla
タイトルBaNadD in complex with inhibitor 1_02
要素nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NMNAT-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-JJZ / Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Huang, N. / Eyobo, Y. / Zhang, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Complexes of bacterial nicotinate mononucleotide adenylyltransferase with inhibitors: implication for structure-based drug design and improvement.
著者: Huang, N. / Kolhatkar, R. / Eyobo, Y. / Sorci, L. / Rodionova, I. / Osterman, A.L. / Mackerell, A.D. / Zhang, H.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年6月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,03710
ポリマ－44,2212
非ポリマー8168
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
2
A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,07420
ポリマ－88,4424
非ポリマー1,63316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area13940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area30330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.586, 97.498, 44.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase / NaMN adenylyltransferase


分子量: 22110.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAMEG_4595, nadD / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: C3L5T6, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-JJZ / 4-[2-(anthracen-9-ylmethylidene)hydrazino]-N-(3-chlorophenyl)-4-oxobutanamide


分子量: 429.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20ClN3O2
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M postassium formate 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 198 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 39335 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3HFJ

3hfj


解像度: 1.75→42.709 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 2006 5.13 %Random
Rwork0.1894 ---
obs0.1914 39124 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.832 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3051 0 54 308 3413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0574357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6291186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.2941390.24392543X-RAY DIFFRACTION96
1.7938-1.84230.27891620.22812592X-RAY DIFFRACTION99
1.8423-1.89650.25121420.21492581X-RAY DIFFRACTION99
1.8965-1.95770.23441290.20072628X-RAY DIFFRACTION99
1.9577-2.02770.23461520.18732627X-RAY DIFFRACTION99
2.0277-2.10890.2341400.18512660X-RAY DIFFRACTION100
2.1089-2.20490.2441500.18262643X-RAY DIFFRACTION100
2.2049-2.32110.23561700.18332621X-RAY DIFFRACTION100
2.3211-2.46650.25171470.192652X-RAY DIFFRACTION100
2.4665-2.65690.27241280.18892662X-RAY DIFFRACTION100
2.6569-2.92420.22771490.20122695X-RAY DIFFRACTION100
2.9242-3.34730.231180.1872723X-RAY DIFFRACTION100
3.3473-4.21660.19651400.16262743X-RAY DIFFRACTION100
4.2166-42.72190.20991400.18372748X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7150.25920.24961.539-0.44481.4012-0.0937-0.00670.1249-0.00880.0376-0.0243-0.0465-0.22120.0550.1371-0.0359-0.03070.1526-0.0060.11524.4767-28.4128-12.9084
20.84820.16560.10762.2481-0.35270.93270.0063-0.0122-0.0421-0.118-0.0792-0.31020.1060.12120.07350.1258-0.01880.01020.16750.030.173520.6737-47.2068-15.9269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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