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- PDB-3mkz: Structure of SopB(155-272)-18mer complex, P21 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mkz
タイトルStructure of SopB(155-272)-18mer complex, P21 form
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
  • Protein sopB
キーワードDNA-BINDING PROTEIN/DNA / partition / SopB / F plasmid / centromere / DNA-BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SopB, HTH domain / Centromere-binding protein HTH domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein SopB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Insight into F plasmid DNA segregation revealed by structures of SopB and SopB-DNA complexes.
著者: Schumacher, M.A. / Piro, K.M. / Xu, W.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein sopB
B: Protein sopB
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
U: Protein sopB
Y: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
Z: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
N: Protein sopB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,30212
ポリマ－75,1428
非ポリマー1604
水21612
1
A: Protein sopB
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
N: Protein sopB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6115
ポリマ－37,5714
非ポリマー401
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
2
U: Protein sopB
Y: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
Z: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子

B: Protein sopB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6917
ポリマ－37,5714
非ポリマー1203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4920 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.380, 47.120, 118.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein sopB / Plasmid partition protein B


分子量: 13267.931 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 155 to 272 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: artificial gene of sopB / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: B, ECOK12F047, F plasmid, sopB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62558
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 5517.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The DNA was chemically synthesized.
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, Calcium chloride 200 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→99 Å / Num. all: 22300 / Num. obs: 22277 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 250 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MKW

3mkw


解像度: 2.98→50.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 706163.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2202 9.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.213 22280 --
obs0.213 22266 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.4301 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.71 Å20 Å2-3.21 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---24.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.98→50.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3419 1464 4 12 4899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 307 8.9 %
Rwork0.337 3136 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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