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- PDB-3mj4: Crystal structure of UDP-galactopyranose mutase in complex with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mj4
タイトルCrystal structure of UDP-galactopyranose mutase in complex with phosphonate analog of UDP-galactopyranose
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / phosphonate analog / inhibitor / binding mode
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase, C-terminal / UDP-galactopyranose mutase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-URM / Xylitol / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Karunan Partha, S. / Sadeghi-Khomami, A. / Slowski, K. / Kotake, T. / Thomas, N.R. / Jakeman, D.L. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Chemoenzymatic Synthesis, Inhibition Studies, and X-ray Crystallographic Analysis of the Phosphono Analog of UDP-Galp as an Inhibitor and Mechanistic Probe for UDP-Galactopyranose Mutase.
著者: Partha, S.K. / Sadeghi-Khomami, A. / Slowski, K. / Kotake, T. / Thomas, N.R. / Jakeman, D.L. / Sanders, D.A.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
E: UDP-galactopyranose mutase
F: UDP-galactopyranose mutase
G: UDP-galactopyranose mutase
H: UDP-galactopyranose mutase
I: UDP-galactopyranose mutase
J: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,08257
ポリマ－457,41810
非ポリマー14,66447
水11,043613
1
A: UDP-galactopyranose mutase
I: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,66014
ポリマ－91,4842
非ポリマー3,17612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
2
B: UDP-galactopyranose mutase
H: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1399
ポリマ－91,4842
非ポリマー2,6567
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30260 Å2
手法PISA
3
C: UDP-galactopyranose mutase
F: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,38411
ポリマ－91,4842
非ポリマー2,9009
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
4
D: UDP-galactopyranose mutase
J: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,39210
ポリマ－91,4842
非ポリマー2,9088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29880 Å2
手法PISA
5
E: UDP-galactopyranose mutase
G: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,50813
ポリマ－91,4842
非ポリマー3,02411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area29640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.149, 175.715, 223.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
UDP-galactopyranose mutase


分子量: 45741.824 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: DR_A0367, DR_AO367 / プラスミド: PEHISTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q9RYF1, UDP-galactopyranose mutase
#6: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5

-
非ポリマー , 5種, 658分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-URM / (((2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl)methyl)phosphonic (((2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphoric) anhydride / Uridine diphospho methylene galactopyranose


分子量: 564.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O16P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 6.5, 0.2 M LICL, 28% PEG 6000, Microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→102.06 Å / Num. obs: 162540 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
MxDCデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HDQ

3hdq


解像度: 2.65→44.542 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 7710 5.02 %
Rwork0.207 --
obs0.2098 153502 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.251 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8076 Å2-0 Å20 Å2
2---8.9448 Å2-0 Å2
3---9.7524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29674 0 953 613 31240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2342966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6911596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0784464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.74470.45387610.381614445X-RAY DIFFRACTION100
2.7447-2.85460.41167920.345614400X-RAY DIFFRACTION100
2.8546-2.98450.35437960.276914458X-RAY DIFFRACTION100
2.9845-3.14180.3437390.263914491X-RAY DIFFRACTION100
3.1418-3.33860.30457640.224114502X-RAY DIFFRACTION100
3.3386-3.59620.27127620.205614528X-RAY DIFFRACTION100
3.5962-3.95790.27097300.213714607X-RAY DIFFRACTION100
3.9579-4.53020.20087860.148914615X-RAY DIFFRACTION100
4.5302-5.70570.19948020.152214691X-RAY DIFFRACTION100
5.7057-44.54870.23237780.201615055X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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