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- PDB-3miy: X-ray crystal structure of ITK complexed with sunitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3miy
タイトルX-ray crystal structure of ITK complexed with sunitinib
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードTRANSFERASE / helix C-in
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase ...NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / intracellular signal transduction / signal transduction / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B49 / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Villasenor, A.G.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of IL-2-inducible T cell kinase complexed with inhibitors: insights into rational drug design and activity regulation.
著者: Kutach, A.K. / Villasenor, A.G. / Lam, D. / Belunis, C. / Janson, C. / Lok, S. / Hong, L.N. / Liu, C.M. / Deval, J. / Novak, T.J. / Barnett, J.W. / Chu, W. / Shaw, D. / Kuglstatter, A.
履歴
登録2010年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Atomic model
改定 1.32021年10月6日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0304
ポリマ－60,2332
非ポリマー7972
水5,531307
1
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5152
ポリマ－30,1161
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5152
ポリマ－30,1161
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.479, 52.053, 66.106
Angle α, β, γ (deg.)98.49, 103.65, 92.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk / Kinase EMT


分子量: 30116.418 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 357-620 / 変異: C477S, E614A, E617A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK / プラスミド: pVL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 II SFM
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-B49 / N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide / SUNITINIB


分子量: 398.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27FN4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG3350, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M BIS-TRIS, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 58467 / Num. obs: 53980 / % possible obs: 86.1 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.67→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3350 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 45.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1SM2

1sm2


解像度: 1.67→32.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.172 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23391 2680 5.1 %RANDOM
Rwork0.20665 ---
obs0.20805 49551 86.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0.04 Å2-0.33 Å2
2---0.77 Å2-1.05 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→32.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3798 0 58 307 4163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9131.9715325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5075471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08723.82178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98715672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9081524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22705
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0910.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.52444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77423813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94531730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5434.51512
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 82 -
Rwork0.27 1433 -
obs--33.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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