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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3miv | ||||||
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タイトル | Structure of Banana lectin - Glc-alpha(1,2)-Glc complex | ||||||
![]() | Lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ALL BETA SHEET PROTEIN / BETA PRISM-I FOLD / MANNOSE SPECIFIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, A. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Influence of glycosidic linkage on the nature of carbohydrate binding in beta-prism I fold lectins: an X-ray and molecular dynamics investigation on banana lectin-carbohydrate complexes 著者: Sharma, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14683.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.44 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ZINC ACETATE DIHYDRATE, SODIUM CACODYLATE, 1,6-HEXANEDIOL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→10 Å / Num. all: 7895 / Num. obs: 6751 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 672 / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1x1v 解像度: 3.5→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 24.238 / SU ML: 0.396 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.603 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→9.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.501→3.58 Å / Total num. of bins used: 20
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