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- PDB-3mil: Crystal structure of isoamyl acetate-hydrolyzing esterase from Sa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mil
タイトルCrystal structure of isoamyl acetate-hydrolyzing esterase from Saccharomyces cerevisiae
要素Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase
キーワードHYDROLASE / SGNH-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


isoamyl acetate esterase / acetate metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ma, J. / Lu, Q. / Yuan, Y. / Li, K. / Ge, H. / Go, Y. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of isoamyl acetate-hydrolyzing esterase from Saccharomyces cerevisiae reveals a novel active site architecture and the basis of substrate specificity
著者: Ma, J. / Lu, Q. / Yuan, Y. / Ge, H. / Li, K. / Zhao, W. / Gao, Y. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2010年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase
B: Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4274
ポリマ－55,2432
非ポリマー1842
水11,223623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.565, 44.644, 81.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isoamyl acetate-hydrolyzing esterase


分子量: 27621.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EST2, IAH1, O3287, YOR126C, YOR3287C / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P41734, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1542.91
2
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2
詳細: 0.2M Ammonium fluoride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 285K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21002
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-00711.5417
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9792, 0.9795, 0.9000
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2008年11月23日
MAR CCD 165 mm2CCD2009年1月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54171
20.97921
30.97951
40.91
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 56851 / Num. obs: 56851 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Num. unique all: 2588 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→31.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.426 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21825 2885 5.1 %RANDOM
Rwork0.19303 ---
obs0.19432 56831 90.92 %-
all-56831 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20.47 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3874 0 12 623 4509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0991.9595503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0895498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.75924.8200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25215725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0791518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5361.52442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99423938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49231626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4624.51565
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 191 -
Rwork0.478 3695 -
obs--84.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27520.03860.06880.00960.00110.11940.00410.0052-0.0158-0.00440.0066-0.0033-0.0102-0.001-0.01060.0277-0.0070.01770.0158-0.00860.024721.43941.049613.1369
20.3129-0.04230.18050.0642-0.07590.16160.0014-0.0214-0.00990.00170.012-0.0063-0.0063-0.0375-0.01340.0204-0.00690.0150.03810.00980.0205-3.61650.60723.8363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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