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- PDB-3mif: Oxidized (Cu2+) peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mif
タイトルOxidized (Cu2+) peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase (PHM) with bound carbon monooxide (CO)
要素Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / BIOACTIVE PEPTIDE ACTIVATION / ASCORBATE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylglycine monooxygenase / peptidylamidoglycolate lyase / peptide amidation / peptidylglycine monooxygenase activity / peptidylamidoglycolate lyase activity / fatty acid primary amide biosynthetic process / ovulation cycle process / toxin metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / peptide metabolic process ...peptidylglycine monooxygenase / peptidylamidoglycolate lyase / peptide amidation / peptidylglycine monooxygenase activity / peptidylamidoglycolate lyase activity / fatty acid primary amide biosynthetic process / ovulation cycle process / toxin metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / peptide metabolic process / mitotic chromosome condensation / response to copper ion / response to pH / L-ascorbic acid binding / limb development / response to zinc ion / transport vesicle membrane / maternal process involved in female pregnancy / response to glucocorticoid / condensed chromosome / lactation / secretory granule / regulation of actin cytoskeleton organization / trans-Golgi network / response to estradiol / heart development / perikaryon / response to hypoxia / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / calcium ion binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase/peptidyl-hydroxyglycine alpha-amidating lyase / Jelly Rolls - #230 / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-2 conserved site / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 2. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain ...Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase/peptidyl-hydroxyglycine alpha-amidating lyase / Jelly Rolls - #230 / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-2 conserved site / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 2. / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, histidine-cluster-1 conserved site / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain superfamily / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, N-terminal domain / Copper type II ascorbate-dependent monooxygenase, C-terminal domain / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenases signature 1. / PHM/PNGase F domain superfamily / Copper type II, ascorbate-dependent monooxygenase-like, C-terminal / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / COPPER (II) ION / NICKEL (II) ION / Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Siebert, X. / Chufan, E. / Eipper, B.A. / Mains, R.E. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Differential Reactivity Between the Two Copper Sites of Peptidylglycine alpha-Hydroxylating Monooxygenase (PHM)
著者: Chufan, E.E. / Prigge, S.T. / Siebert, X. / Eipper, B.A. / Mains, R.E. / Amzel, L.M.
履歴
登録2010年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5909
ポリマ－35,0081
非ポリマー5828
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.246, 69.715, 83.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidyl-glycine alpha-amidating monooxygenase / PAM / Peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase / PHM


分子量: 35008.133 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-356, monooxygenase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: SPRAGUE-DAWLEY / 遺伝子: Pam / プラスミド: pCIS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Cho Dg44 / 参照: UniProt: P14925, peptidylglycine monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization: 0.1-0.5mM CuSO4, 1.25mM NiCl2, 100mM sodium cacodylate pH=5.5, 3mM sodium azide and 5% glycerol. Then, CO-soaking in a pressure chamber at 3 atm of CO for 15 minutes at RT., ...詳細: Crystallization: 0.1-0.5mM CuSO4, 1.25mM NiCl2, 100mM sodium cacodylate pH=5.5, 3mM sodium azide and 5% glycerol. Then, CO-soaking in a pressure chamber at 3 atm of CO for 15 minutes at RT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 37462 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PHM

1phm


解像度: 2→34.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.125 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23539 1397 5 %RANDOM
Rwork0.20678 ---
obs0.20822 26400 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 29 163 2610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.9543551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1465329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05223.391115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2815411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9421515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3621.51600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6922604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21131014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8374.5940
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 94 -
Rwork0.309 1934 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
129.62311.26124.3666.45291.63674.24280.14010.47431.7709-0.3433-0.29380.4625-0.4648-0.08350.1537-0.05120.0366-0.1096-0.1569-0.0145-0.045511.020224.4608-0.413
26.49461.73660.20544.2379-0.23473.62120.1486-0.6569-0.35840.28860.01230.5590.1263-0.531-0.1609-0.16740.0302-0.0102-0.05910.0529-0.08315.952115.195411.909
31.04060.7468-0.67043.0042-2.08462.59840.0225-0.1876-0.14280.4843-0.1746-0.3669-0.25860.18430.1521-0.10020.0321-0.0697-0.1649-0.0328-0.147834.460716.103321.8174
41.37711.5712-1.63564.3975-4.14874.6167-0.0155-0.2682-0.280.4293-0.2834-0.5037-0.1850.45950.2988-0.13480.0636-0.0723-0.1267-0.0127-0.086236.911912.579821.56
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4A303 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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