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- PDB-3mi7: An Enhanced Repressor of Human Papillomavirus E2 Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mi7
タイトルAn Enhanced Repressor of Human Papillomavirus E2 Protein
要素Regulatory protein E2
キーワードVIRAL PROTEIN / papillomavirus DNA-binding domain / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain ...Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bohm, A. / Baleja, J. / Bose, K. / Meinke, G.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2011
タイトル: Design and characterization of an enhanced repressor of human papillomavirus E2 protein.
著者: Bose, K. / Meinke, G. / Bohm, A. / Baleja, J.D.
履歴
登録2010年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月6日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Regulatory protein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1487
ポリマ－9,7751
非ポリマー3726
水1,29772
1
X: Regulatory protein E2
ヘテロ分子

X: Regulatory protein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,29514
ポリマ－19,5502
非ポリマー74512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3360 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.860, 43.099, 45.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein E2


分子量: 9775.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 283-365 / 変異: H290E, C309S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
株: Type 16 / 遺伝子: E2 / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P03120
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM sodium citrate, 100 mM ammonium acetate, 10% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: multi layer x-ray optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→21.9 Å / Num. obs: 4793 / % possible obs: 95.38 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 712 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BY9

1by9


解像度: 2.2→33.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 14.329 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28054 229 4.6 %RANDOM
Rwork0.18351 ---
obs0.1878 4702 95.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 24 72 738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.931924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.027583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55922.825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.89415115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.054153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6761.5408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2982666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0053279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2124.5256
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 14 -
Rwork0.266 358 -
obs--94.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3908 Å / Origin y: 0.8093 Å / Origin z: 30.1675 Å
111213212223313233
T0.0095 Å2-0.0034 Å20.0196 Å2-0.0407 Å20.0057 Å2--0.0549 Å2
L2.402 °2-1.112 °21.1576 °2-2.8878 °20.6092 °2--4.6339 °2
S-0.0231 Å °-0.111 Å °0.0299 Å °0.073 Å °-0.0828 Å °0.015 Å °0.0132 Å °-0.0796 Å °0.1059 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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