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- PDB-3mi6: Crystal structure of the alpha-galactosidase from Lactobacillus b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mi6
タイトルCrystal structure of the alpha-galactosidase from Lactobacillus brevis, Northeast Structural Genomics Consortium Target LbR11.
要素Alpha-galactosidase
キーワードHYDROLASE / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / carbohydrate catabolic process
類似検索 - 分子機能
alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / : / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site ...alpha-galactosidase from lactobacil brevis / Glycosyl hydrolase family 36, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 36, C-terminal / Alpha-galactosidase, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 36 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 36 N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 36 / Melibiase / : / Glycoside hydrolase family 27/36, conserved site / Alpha-galactosidase signature. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Distorted Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.704 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Belote, R. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. ...Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Belote, R. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the alpha-galactosidase from Lactobacillus brevis.
著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Belote, R. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-galactosidase
B: Alpha-galactosidase
C: Alpha-galactosidase
D: Alpha-galactosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,0434
ポリマ－347,0434
非ポリマー00
水8,989499
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24350 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area87940 Å2
手法PISA
2
A: Alpha-galactosidase
D: Alpha-galactosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5222
ポリマ－173,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area50830 Å2
手法PISA
3
B: Alpha-galactosidase
C: Alpha-galactosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,5222
ポリマ－173,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area49430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.938, 158.818, 166.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Dimer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質
Alpha-galactosidase


分子量: 86760.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
株: ATCC 367 / JCM 1170 / 遺伝子: LVIS_1758 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q03PP7, alpha-galactosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7
詳細: 10% PEG MME 5000, 5% Tacsimate, pH 7.0, 0.01M galactose, 0.1M HEPES pH 7.0, microbatch under paraffin oil, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97908, 0.97939, 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979081
20.979391
30.918371
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 161934 / Num. obs: 161448 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 16165 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXDE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.704→40.028 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 4195 4.99 %RANDOM
Rwork0.1728 ---
obs0.1762 84039 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.111 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.704→40.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23918 0 0 499 24417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24133410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2028776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0813500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7039-2.73460.32211340.22182582X-RAY DIFFRACTION98
2.7346-2.76680.3291610.2182625X-RAY DIFFRACTION99
2.7668-2.80050.31051530.22932554X-RAY DIFFRACTION99
2.8005-2.83590.31821450.22492632X-RAY DIFFRACTION99
2.8359-2.87320.32841300.21542616X-RAY DIFFRACTION99
2.8732-2.91260.26151280.20882630X-RAY DIFFRACTION99
2.9126-2.95420.32111140.20932646X-RAY DIFFRACTION100
2.9542-2.99830.34491240.21352648X-RAY DIFFRACTION100
2.9983-3.04510.27971460.21012631X-RAY DIFFRACTION99
3.0451-3.0950.27721300.20422645X-RAY DIFFRACTION100
3.095-3.14840.29451360.20952632X-RAY DIFFRACTION99
3.1484-3.20560.27171380.20692650X-RAY DIFFRACTION99
3.2056-3.26720.28391450.19222635X-RAY DIFFRACTION100
3.2672-3.33390.26541420.1872638X-RAY DIFFRACTION100
3.3339-3.40630.24481230.17382649X-RAY DIFFRACTION100
3.4063-3.48550.25251420.15672648X-RAY DIFFRACTION100
3.4855-3.57260.22421410.15272651X-RAY DIFFRACTION100
3.5726-3.66920.20331470.15742641X-RAY DIFFRACTION100
3.6692-3.7770.24571160.14562713X-RAY DIFFRACTION100
3.777-3.89890.211450.14862658X-RAY DIFFRACTION100
3.8989-4.03810.18931410.14092661X-RAY DIFFRACTION100
4.0381-4.19960.21271350.142660X-RAY DIFFRACTION100
4.1996-4.39050.19461620.13052672X-RAY DIFFRACTION100
4.3905-4.62170.20491420.12632675X-RAY DIFFRACTION100
4.6217-4.91070.18551250.12462708X-RAY DIFFRACTION100
4.9107-5.28910.17911600.12992692X-RAY DIFFRACTION100
5.2891-5.81990.23371230.1422725X-RAY DIFFRACTION100
5.8199-6.65880.21731440.15992721X-RAY DIFFRACTION100
6.6588-8.37670.22191490.16912759X-RAY DIFFRACTION100
8.3767-40.03240.20851740.1882847X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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