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万見
- PDB-3mgc: Teg12 Apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgc
タイトルTeg12 Apo
要素Teg12
キーワードTRANSFERASE / Sulfotransferase / Teicoplanin / Antibiotic / Environmental DNA / PAPS
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfotransferase activity / peptide binding
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / N-L-ALPHA-ASPARTYL L-PHENYLALANINE 1-METHYL ESTER / Teg12
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured soil bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of the glycopeptide sulfotransferase Teg12 in a complex with the teicoplanin aglycone.
著者: Bick, M.J. / Banik, J.J. / Darst, S.A. / Brady, S.F.
履歴
登録2010年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teg12
B: Teg12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5867
ポリマ－69,9472
非ポリマー6405
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22890 Å2
手法PISA
2
A: Teg12
B: Teg12
ヘテロ分子

A: Teg12
B: Teg12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,17314
ポリマ－139,8944
非ポリマー1,27910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area7150 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area41040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.388, 126.086, 145.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Teg12


分子量: 34973.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured soil bacterium (環境試料)
遺伝子: teg1, teg12 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: B7T1D7, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-PME / N-L-ALPHA-ASPARTYL L-PHENYLALANINE 1-METHYL ESTER / ASPARTAME / アスパルテ-ム


分子量: 294.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Protein concentration of 7.5 mg/ml. 1:1 ul ratio of protein to crystallization solution. 1.0 M Sodium Citrate, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, Silver Bullet Reagent 29 (Hampton), VAPOR ...詳細: Protein concentration of 7.5 mg/ml. 1:1 ul ratio of protein to crystallization solution. 1.0 M Sodium Citrate, 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, Silver Bullet Reagent 29 (Hampton), VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→72.57 Å / Num. all: 15372 / Num. obs: 14643 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.93→3.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 1541 / Rsym value: 0.063 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OV8

2ov8


解像度: 2.91→72.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 31.101 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.584 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27193 764 5 %RANDOM
Rwork0.21672 ---
obs0.21957 14562 94.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.313 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å2-0 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→72.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3550 0 44 34 3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213673
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9634991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93535795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9115474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5423.5140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27115518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5661518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.52386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.091.5977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07123762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58331287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6264.51229
LS精密化 シェル解像度: 2.915→2.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 36 -
Rwork0.25 926 -
obs--81.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.51490.9351-3.92532.78530.279711.7304-0.05070.08610.311-0.14880.031-0.0984-0.0941-0.19680.01970.01550.0177-0.01270.26960.01160.1468-43.763630.057837.8445
23.0786-0.5259-1.38821.39740.463110.86830.12-0.0409-0.1122-0.15550.0995-0.10980.3157-0.058-0.21960.08160.01310.01550.1074-0.00860.1055-4.565719.695817.9434
33.5107-0.1075-0.21432.61-0.33961.6082-0.0405-0.1267-0.2779-0.06020.0731-0.05540.0539-0.0945-0.03260.04790.0076-0.00680.1670.03340.0732-21.21625.537533.2847
44.37121.58042.61496.88375.33368.1420.08650.1473-0.0616-0.32290.2945-0.1044-0.349-0.2532-0.3810.21860.0623-0.02370.12540.04190.0558-36.2852.82575.5499
52.0868-0.74410.44332.8297-2.32763.2793-0.1242-0.1930.38790.2904-0.0968-0.3454-0.6680.14140.2210.3473-0.0293-0.02780.0676-0.08520.1916-18.810658.640120.6312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-31 - -10
2X-RAY DIFFRACTION1A1 - 287
3X-RAY DIFFRACTION2A91 - 129
4X-RAY DIFFRACTION2A251 - 285
5X-RAY DIFFRACTION3A0 - 90
6X-RAY DIFFRACTION3A136 - 203
7X-RAY DIFFRACTION3A3 - 288
8X-RAY DIFFRACTION3A1 - 289
9X-RAY DIFFRACTION3A1 - 290
10X-RAY DIFFRACTION4B91 - 128
11X-RAY DIFFRACTION4B247 - 285
12X-RAY DIFFRACTION5B1 - 90
13X-RAY DIFFRACTION5B137 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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