PDB-3mfn: Dfer_2879 protein of unknown function from Dyadobacter fermentans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mfn

タイトル

Dfer_2879 protein of unknown function from Dyadobacter fermentans

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5618 / Domain of unknown function (DUF5618) / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / ACETATE ION / DUF5618 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Dyadobacter fermentans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Eisen, J. / Wu, D. / Kerfeld, C. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of Dfer_2879 protein of unknown function from Dyadobacter fermentans.
著者: Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Eisen, J. / Wu, D. / Kerfeld, C. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mfn.cif.gz	115.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mfn.ent.gz	95.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mfn_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mfn_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	3mfn_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	3mfn_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6w9q-1 4oky-d 6v16-d 3t9k-2 4r72-d 1e69-4 2ite-d 3t9k-1 6ems-d 3ink-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC41694.0

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

72.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.779, 83.650, 93.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 18163.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dyadobacter fermentans (バクテリア) 株: DSM 18053 / 遺伝子: Dfer_2879 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6W4J3
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG-4000, 1/70 chymotrypsin, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→35.3 Å / Num. all: 36244 / Num. obs: 36244 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 46.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 2.098 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 1770 / Χ²: 1.025 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.02→35.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU B: 10.241 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1802	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.19	36178	-	-
obs	0.19	36178	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.62 Å² / B_iso mean: 24.985 Å² / B_iso min: 9.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→35.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4009	0	4	145	4158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.941	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.701	5	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.538	24.342	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.314	15	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.478	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.838	1.5	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.241	1.5	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.483	2	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.411	3	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.727	4.5	1743

LS精密化シェル

解像度: 2.024→2.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	109	-
R_work	0.269	2249	-
all	-	2358	-
obs	-	2358	89.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4431	0.2745	-1.433	1.398	0.2231	2.3341	0.1265	-0.3516	0.2065	0.0464	0.0269	-0.0924	0.1837	0.2276	-0.1534	0.0922	0.0125	-0.012	0.1291	-0.0248	0.0578	-4.7232	95.1301	-2.5433
2	3.5774	-0.1098	-0.6116	4.1065	-0.4338	1.9195	-0.2743	0.5787	-0.0263	-0.5219	0.1732	0.0915	0.1652	-0.3563	0.1011	0.2025	-0.0666	-0.0127	0.244	-0.0284	0.0107	-14.0227	86.8505	-20.3211
3	2.4055	-0.8446	-1.0343	2.228	-0.5099	2.3851	0.4164	0.2193	0.9866	-0.4534	-0.1283	-0.2687	-0.2538	-0.2284	-0.2881	0.2542	0.0483	0.1837	0.1383	0.0904	0.522	-16.5655	117.3138	-9.6098
4	3.4207	0.3312	-0.8312	4.7853	-1.1589	2.6348	-0.4686	-0.2094	-0.8259	-0.125	0.1529	0.0441	0.7676	-0.1502	0.3157	0.4707	-0.0301	0.2276	0.1624	-0.0246	0.3975	-14.9607	64.1848	-7.3262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	136 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	136 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	136 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 132
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	136 - 148

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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