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- PDB-3mfk: Ets1 complex with stromelysin-1 promoter DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mfk
タイトルEts1 complex with stromelysin-1 promoter DNA
要素
  • (stromelysin-1 promoter DNA) x 2
  • Protein C-ets-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Ets1 / Ets domain / protein-DNA complex / stromelysin-1 / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PML body organization / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of cell cycle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / cell motility ...PML body organization / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of cell cycle / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / transcription corepressor binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / cell motility / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family ...Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Babayeva, N.D. / Mino, K. / Tahirov, T.H.
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2010
タイトル: Structural basis of Ets1 cooperative binding to palindromic sequences on stromelysin-1 promoter DNA.
著者: Babayeva, N.D. / Wilder, P.J. / Shiina, M. / Mino, K. / Desler, M. / Ogata, K. / Rizzino, A. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2010年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein C-ets-1
B: Protein C-ets-1
C: stromelysin-1 promoter DNA
D: stromelysin-1 promoter DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2604
ポリマ－47,2604
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.812, 99.153, 76.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein C-ets-1 / p54


分子量: 18731.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 280-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETS1, EWSR2 / プラスミド: pEts280-441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14921
#2: DNA鎖 stromelysin-1 promoter DNA


分子量: 4914.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: stromelysin-1 promoter DNA sequence
#3: DNA鎖 stromelysin-1 promoter DNA


分子量: 4883.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: stromelysin-1 promoter DNA containing palindromic Ets-binding sequences
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 mM ammonium chloride, 15 mM magnesium chloride, 0.7 M NDSB-195, 40 mM MES buffer (pH 6.5) and 11.5% v/v 2-Propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 13212 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / Num. unique all: 1292 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1gvj

1gvj


解像度: 3→36.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 3197409.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 631 5 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 12574 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.3101 Å2 / ksol: 0.294203 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å27.91 Å2
2--3.15 Å20 Å2
3----3.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 650 0 27 2924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.352.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 106 5.5 %
Rwork0.419 1827 -
obs--87.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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