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万見
- PDB-3mff: 1F1E8hu TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mff
タイトル1F1E8hu TCR
要素(T cell receptor ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / Protein metamorphism / Alpha constant domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ARGININE / UREA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者van Boxel, G.I. / Holmes, S. / Fugger, L. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: An alternative conformation of the T-cell receptor alpha constant region
著者: van Boxel, G.I. / Holmes, S. / Fugger, L. / Jones, E.Y.
履歴
登録2010年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T cell receptor alpha chain
B: T cell receptor beta chain
C: T cell receptor alpha chain
D: T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,54710
ポリマ－100,0074
非ポリマー5406
水14,448802
1
A: T cell receptor alpha chain
B: T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1564
ポリマ－50,0042
非ポリマー1522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20690 Å2
手法PISA
2
C: T cell receptor alpha chain
D: T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3916
ポリマ－50,0042
非ポリマー3874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.323, 74.016, 94.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSER5AA12 - 2102 - 200
21VALVALSERSER5CC12 - 2102 - 200
12LYSLYSTRPTRP4BB3 - 2402 - 239
22LYSLYSTRPTRP4DD3 - 2402 - 239

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
T cell receptor ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 T cell receptor alpha chain


分子量: 22338.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET 22d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM22
#2: タンパク質 T cell receptor beta chain


分子量: 27664.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET 22d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM22

-
非ポリマー , 4種, 808分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#5: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR BOTH ENTITIES DO NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.3mM (NH4)2HydrogenCitrate, 20%(w/v) PEG3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.983 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 74855 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0.951 / Observed criterion σ(I): 0.953 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2→2.052 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 0.284 / Num. unique all: 3611 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 63.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.061 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24293 3772 5.1 %RANDOM
Rwork0.19988 ---
all0.243 ---
obs0.20203 70789 91.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.61 Å2 / Biso mean: 36.816 Å2 / Biso min: 14.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å22.27 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---1.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.04 Å0.03 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6947 0 35 802 7784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.949721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8755867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70924.221353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.425151154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9161542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.23184
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24769
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.54500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39927070
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11833077
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2324.52651
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A760medium positional0.190.5
2B1909medium positional0.330.5
1A733loose positional0.485
1A760medium thermal0.712
2B1909medium thermal0.652
1A733loose thermal1.1510
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 187 -
Rwork0.243 3611 -
obs--63.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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