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- PDB-3mf8: Crystal Structure of Native cis-CaaD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mf8
タイトルCrystal Structure of Native cis-CaaD
要素Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
キーワードHYDROLASE / beta-alpha-beta motif / tautomerase / cis-3-chloroacrylic acid dehaloganase / Isomerase
機能・相同性Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
機能・相同性情報
生物種coryneform bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Guo, Y. / Serrano, H. / Ernst, S.R. / Johnson Jr., W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of native and inactivated cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase: Implications for the catalytic and inactivation mechanisms.
著者: Guo, Y. / Serrano, H. / Johnson Jr., W.H. / Ernst, S. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.
履歴
登録2010年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7412
ポリマ－16,6451
非ポリマー961
水1,820101
1
A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子

A: Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2226
ポリマ－49,9343
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area13360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.987, 58.987, 58.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-172-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量: 16644.525 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-118 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) coryneform bacterium (バクテリア)
遺伝子: cis-caaD / プラスミド: pET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
参照: UniProt: Q6VPE5, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: three micro liter of 14 mg/mL cis-CaaD protein sample mixed with three micro liter crystallization solution: 8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine buffer (pH 9.0), hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月29日
放射モノクロメーター: BLUE MAX-FLUX OPTICAL SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→51.1 Å / Num. obs: 7768 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 51.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.01-2.089.80.09199.2
2.08-2.1710.20.083199.9
2.17-2.2610.20.0761100
2.26-2.3810.50.0721100
2.38-2.5310.70.0661100
2.53-2.7310.90.0621100
2.73-3110.0561100
3-3.4411.10.0471100
3.44-4.3311.30.038199.9
4.33-50110.028199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FLT

2flt


解像度: 2.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 9.277 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23574 356 4.6 %RANDOM
Rwork0.18384 ---
obs0.18625 7398 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数912 0 5 101 1018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9181261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7075116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1723.7548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.815148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.688157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3920.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.5594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6052921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.33379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5084.5340
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.9253973
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.8663106
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.8163912
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 19 -
Rwork0.196 549 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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