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- PDB-3mes: Crystal structure of choline kinase from Cryptosporidium parvum I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mes
タイトルCrystal structure of choline kinase from Cryptosporidium parvum Iowa II, cgd3_2030
要素Choline kinase
キーワードTRANSFERASE / choline kinase / malaria / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase activity / choline kinase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DECAMETHONIUM ION / N-PROPYL-TARTRAMIC ACID / Putative choline kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Qiu, W. / Wernimont, A. / Hills, T. / Lew, J. / Artz, J.D. / Xiao, T. / Allali-Hassani, A. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. ...Qiu, W. / Wernimont, A. / Hills, T. / Lew, J. / Artz, J.D. / Xiao, T. / Allali-Hassani, A. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Ma, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of choline kinase from Cryptosporidium parvum Iowa II, cgd3_2030
著者: Qiu, W. / Wernimont, A. / Hills, T. / Lew, J. / Artz, J.D. / Xiao, T. / Allali-Hassani, A. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Qiu, W. / Wernimont, A. / Hills, T. / Lew, J. / Artz, J.D. / Xiao, T. / Allali-Hassani, A. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Ma, D.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline kinase
B: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,19513
ポリマ－99,2512
非ポリマー1,94311
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area31260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.091, 67.957, 92.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Choline kinase / ethanolamine kinase


分子量: 49625.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_2030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CUP2

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非ポリマー , 6種, 259分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DME / DECAMETHONIUM ION / デカメトニウム


分子量: 258.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H38N2
#5: 化合物 ChemComp-PT3 / N-PROPYL-TARTRAMIC ACID / N-プロピル-L-タルトラマ-ト


分子量: 191.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO5
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18.5% P3350, 0.2 M KNa-Tartrate, 2 mM Decamethonium bromide, 2 mM TCEP, 2 mM ADP and 4 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 39440 / Num. obs: 39277 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.68 % / Rsym value: 0.1382 / Net I/σ(I): 7.68
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 3.65 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 4578 / Rsym value: 0.4979 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FI8

3fi8


解像度: 2.35→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 9.748 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29108 1964 5 %RANDOM
Rwork0.24498 ---
obs0.24733 37308 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å21.56 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5952 0 126 248 6326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0226242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6591.9748430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.915709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9324.791311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.577151125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0921526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2171.53589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.425835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.37632653
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.654.52595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 143 -
Rwork0.302 2710 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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