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万見
- PDB-3mde: CRYSTAL STRUCTURES OF MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE FROM PI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mde
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE FROM PIG LIVER MITOCHONDRIA WITH AND WITHOUT SUBSTRATE
要素MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / medium-chain fatty acid catabolic process / carnitine metabolic process, CoA-linked / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / carnitine biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity ...mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / Beta oxidation of octanoyl-CoA to hexanoyl-CoA / medium-chain fatty acid catabolic process / carnitine metabolic process, CoA-linked / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / carnitine biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / cardiac muscle cell differentiation / glycogen biosynthetic process / regulation of gluconeogenesis / fatty acid beta-oxidation / response to starvation / response to cold / liver development / post-embryonic development / mitochondrial membrane / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix / axon / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / : / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal ...Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / : / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOYL-COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, J.-J.P. / Wang, M. / Paschke, R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal structures of medium-chain acyl-CoA dehydrogenase from pig liver mitochondria with and without substrate.
著者: Kim, J.J. / Wang, M. / Paschke, R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of the Medium-Chain Acyl-Coa Dehydrogenase from Pig Liver Mitochondria at 3-Angstroms Resolution
著者: Kim, J.-J.P. / Wu, J.
履歴
登録1994年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET STRAND 4 OF SHEET 2 DOES NOT INCLUDE RESIDUE 229.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1976
ポリマ－84,8392
非ポリマー3,3594
水3,279182
1
A: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
B: MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,39412
ポリマ－169,6774
非ポリマー6,7178
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area29300 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area47630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.780, 137.250, 105.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MEDIUM CHAIN ACYL-COA DEHYDROGENASE


分子量: 42419.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P41367, EC: 1.3.99.3
#2: 化合物 ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA


分子量: 893.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 36088 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 124642 / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア名称: GPRLSA / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→6 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.174 36626
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5964 0 220 182 6366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: GPRLSA / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.77 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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