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万見
- PDB-3md3: Crystal Structure of the First Two RRM Domains of Yeast Poly(U) B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3md3
タイトルCrystal Structure of the First Two RRM Domains of Yeast Poly(U) Binding Protein (Pub1)
要素Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM / RNP / RBD / poly(U) binding / tandem / Acetylation / Cytoplasm / Nucleus / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / translational termination / cellular response to glucose starvation / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / P-body / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding ...nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / translational termination / cellular response to glucose starvation / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / P-body / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...: / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, H. / Shi, H. / Zhu, Z. / Wang, H. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the First Two RRM Domains of Yeast Poly(U) Binding Protein (Pub1)
著者: Li, H. / Shi, H. / Zhu, Z. / Wang, H. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,29917
ポリマ－18,7941
非ポリマー1,50516
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1
ヘテロ分子

A: Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,59834
ポリマ－37,5882
非ポリマー3,01132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area4380 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.615, 57.615, 237.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1 / ARS consensus-binding protein ACBP-60 / Poly uridylate-binding protein / Poly(U)-binding protein


分子量: 18793.803 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal two RRM domains / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32588
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 % / Mosaicity: 0.385 °
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 7092 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.202 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.86.20.3246801.02699.7
2.8-2.916.30.2746830.98599.9
2.91-3.046.30.2346801.01799.7
3.04-3.26.10.1786961.01599.9
3.2-3.46.20.1446831.223100
3.4-3.6660.1116961.34399.7
3.66-4.0360.0897021.36999.7
4.03-4.625.80.0747181.54499.7
4.62-5.815.70.0767451.26799.3
5.81-505.20.0688091.25195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.817 / SU R Cruickshank DPI: 1.008 / SU Rfree: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.008 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 334 4.7 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 7062 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.58 Å2 / Biso mean: 19.472 Å2 / Biso min: 2.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 0 88 80 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9391.9482003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6995174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45725.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.57615228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.95155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2791.5860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.51721379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3923624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6944.5623
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 20 -
Rwork0.306 494 -
all-514 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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