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- PDB-3md2: Crystal structure of the matrix protein 1 from influenza A virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3md2
タイトルCrystal structure of the matrix protein 1 from influenza A virus (A/California/04/2009 (H1N1))
要素matrix protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / SWINE FLU / H1N1 / INFLUENZA A VIRUS / M1
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) ...Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / Matrix protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, Q. / Kloss, B. / Skowronski, E.S. / Height, J. / Love, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the matrix protein 1 from influenza A virus (A/California/04/2009 (H1N1))
著者: Liu, Q. / Kloss, B. / SKOWRONSKI, E.S. / Height, J. / Love, J.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: matrix protein 1
B: matrix protein 1
C: matrix protein 1
D: matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9324
ポリマ－68,9324
非ポリマー00
水2,108117
1
A: matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2331
ポリマ－17,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2331
ポリマ－17,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2331
ポリマ－17,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: matrix protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2331
ポリマ－17,2331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.246, 37.748, 122.221
Angle α, β, γ (deg.)89.98, 90.00, 112.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 4:14 or resseq 21:157)
211chain B and (resseq 4:14 or resseq 21:157)
311chain C and (resseq 4:14 or resseq 21:157)
411chain D and (resseq 4:14 or resseq 21:157)

-
要素

#1: タンパク質
matrix protein 1


分子量: 17232.914 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: M1 / プラスミド: pET(modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS-T1 / 参照: UniProt: C3W5Z1, UniProt: D3TEK8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Ammonium dihydrogen Phosphate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 23637 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3043 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z16

2z16


解像度: 2.2→34.868 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.04 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1175 5.1 %RANDOM
Rwork0.2121 ---
obs0.2144 23028 93.93 %-
all-23028 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.881 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.281 Å2-0.491 Å21.616 Å2
2---0.568 Å2-1.134 Å2
3---0.287 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 0 0 117 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8921624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004744
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
13C1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
14D1055X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.30010.27831110.22052218X-RAY DIFFRACTION77
2.3001-2.42140.26981380.21932716X-RAY DIFFRACTION92
2.4214-2.5730.30931370.21972740X-RAY DIFFRACTION94
2.573-2.77160.24911320.21532812X-RAY DIFFRACTION96
2.7716-3.05040.25441670.21392777X-RAY DIFFRACTION97
3.0504-3.49140.28631440.20562908X-RAY DIFFRACTION98
3.4914-4.39750.1981590.18182826X-RAY DIFFRACTION99
4.3975-34.87190.26061870.22492856X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63270.07520.05331.4415-0.6621.6478-0.069-0.035-0.08770.0469-0.0266-0.0481-0.14960.06490.07990.0293-0.02050.00880.02340.01060.0298-0.3527-0.4598-0.0149
21.0470.0071-0.18641.66990.81021.4315-0.0289-0.08150.10960.0225-0.03770.08180.1476-0.12730.00840.0411-0.0205-0.02110.0303-0.01890.014412.0223-16.5171-61.1348
31.75520.195-0.76930.9816-0.0862.19020.0159-0.10380.2336-0.057-0.0451-0.23090.08510.14240.04640.02920.04910.01870.06820.04580.032715.4332-16.5795-91.1459
41.52060.3770.75410.98350.23722.63610.015-0.0324-0.1478-0.1514-0.09310.1583-0.1174-0.12590.03930.06620.0429-0.02710.0887-0.04420.0465-3.7765-0.3639-30.0031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 4:157)A4 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resseq 4:157)B4 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resseq 4:157)C4 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and (resseq 4:157)D4 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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