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万見
- PDB-3mct: VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M3CYT AND S-ADENOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mct
タイトルVACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M3CYT AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE
要素VP39
キーワードMETHYLTRANSFERASE / METHYLATED CYTOSINE / RNA CAP ANALOG / POLY(A) POLYMERASE / VACCINIA / MRNA PROCESSING / TRANSCRIPTION / COMPLEX (TRANSFERASE-RNA CAP ANALOG)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / methylation / methyltransferase cap1 / methyltransferase cap1 activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA methyltransferase-like / Poxvirus/kinetoplastid-type cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poxvirus cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poly A polymerase regulatory subunit / Poxvirus/kinetoplastid-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) family profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYLCYTOSINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Hu, G. / Gershon, P.D. / Hodel, A.E. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: mRNA cap recognition: dominant role of enhanced stacking interactions between methylated bases and protein aromatic side chains.
著者: Hu, G. / Gershon, P.D. / Hodel, A.E. / Quiocho, F.A.
履歴
登録1999年1月5日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02024年2月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3303
ポリマ－34,8191
非ポリマー5112
水2,648147
1
A: VP39
ヘテロ分子

A: VP39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6606
ポリマ－69,6392
非ポリマー1,0214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.384, 67.176, 80.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-725-

HOH

21A-725-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VP39 / POLY(A) POLYMERASE REGULATORY SUBUNIT


分子量: 34819.293 Da / 分子数: 1 / 変異: C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 株: BL21 (DE3) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07617, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-3MC / 3-METHYLCYTOSINE


分子量: 126.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8N3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: other
詳細: used macroseeding, Hodel, A.E., (1996) Cell, 85, 247.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %PEG800011
20.125 M11AmSO4
30.1 Mcitrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月17日 / 詳細: GOBEL MIRROR
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99 Å / Num. obs: 27130 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.257
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
SMARTデータ削減
SAINTデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 -10 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 27130 98.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 35 0 2429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.675
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.46
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.393
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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