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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mc4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of WW/RSP5/WWP domain: bacterial transferase hexapeptide repeat: serine O-Acetyltransferase from Brucella Melitensis | ||||||
要素 | WW/Rsp5/WWP domain:Bacterial transferase hexapeptide repeat:Serine O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Acyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of WW/RSP5/WWP domain: bacterial transferase hexapeptide repeat: serine O-Acetyltransferase from Brucella Melitensis 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Gardberg, A. / Staker, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mc4.cif.gz | 202.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mc4.ent.gz | 161.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mc4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ssqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31324.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌) 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1281 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YQG6, serine O-acetyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.9 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: MD PACT SCREEN, E4: 20% PEG 3350, 200MM KSCN; protein at 9.5MG/ML, PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→45.53 Å / Num. all: 31067 / Num. obs: 31049 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 26.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.78 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY: 1SSQ 解像度: 1.95→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 6.971 / SU ML: 0.086 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3010 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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