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万見
- PDB-3mc2: Crystal Structure of the Murine Inhibitor of Carbonic Anhydrase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mc2
タイトルCrystal Structure of the Murine Inhibitor of Carbonic Anhydrase
要素Inhibitor of Carbonic Anhydrase
キーワードLYASE INHIBITOR / mICA / Transferrin Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


enzyme inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Eckenroth, B.E. / Mason, A.B. / Everse, S.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: The structure and evolution of the murine inhibitor of carbonic anhydrase: A member of the transferrin superfamily.
著者: Eckenroth, B.E. / Mason, A.B. / McDevitt, M.E. / Lambert, L.A. / Everse, S.J.
履歴
登録2010年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42021年10月6日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of Carbonic Anhydrase
B: Inhibitor of Carbonic Anhydrase
C: Inhibitor of Carbonic Anhydrase
D: Inhibitor of Carbonic Anhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,8804
ポリマ－302,8804
非ポリマー00
水00
1
A: Inhibitor of Carbonic Anhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7201
ポリマ－75,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inhibitor of Carbonic Anhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7201
ポリマ－75,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Inhibitor of Carbonic Anhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7201
ポリマ－75,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Inhibitor of Carbonic Anhydrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7201
ポリマ－75,7201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.559, 136.928, 155.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A,B, using restrain
22chain C,D, using restrain

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Inhibitor of Carbonic Anhydrase


分子量: 75719.906 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 20-700 / 変異: N489D, N664D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/10J / 遺伝子: 1300017J02Rik, mICA / プラスミド: pNUT / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 組織 (発現宿主): Kidney / 参照: UniProt: Q9DBD0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 3350, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月6日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.4→19 Å / Num. obs: 105646 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 71.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_RNP

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 1304
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 10093 9 %
Rwork0.239 94188 -
obs-104281 93.2 %
溶媒の処理Bsol: 43.648 Å2
原子変位パラメータBiso max: 134.94 Å2 / Biso mean: 75.37 Å2 / Biso min: 1.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.042 Å20 Å20.756 Å2
2--30.332 Å20 Å2
3----5.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20772 0 0 0 20772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.408
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプWeight
11BX-RAY DIFFRACTION0.113restrain200
22DX-RAY DIFFRACTION0.106restrain200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.510.4019630.40186299592
2.51-2.640.38411720.3771123812410
2.64-2.810.37313100.3531219113501
2.81-3.020.36113480.3351232413672
3.02-3.320.34713220.2981245513777
3.32-3.80.30813070.2491253813845
3.8-4.780.26713460.1841251713863
4.78-190.2613250.1791229613621
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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