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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mbs | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of 8mer PNA | |||||||||
要素 | Peptide Nucleic Acid | |||||||||
キーワード | Peptide Nucleic Acid / Peptide Nucleic Acid PNA | |||||||||
機能・相同性 | DNA 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Yeh, J.I. / Pohl, E. / Truan, D. / He, W. / Sheldrick, G.M. / Achim, C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2010 タイトル: The crystal structure of non-modified and bipyridine-modified PNA duplexes. 著者: Yeh, J.I. / Pohl, E. / Truan, D. / He, W. / Sheldrick, G.M. / Du, S. / Achim, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mbs.cif.gz | 54.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mbs.ent.gz | 43.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3mbs_validation.pdf.gz | 401.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3mbs_full_validation.pdf.gz | 419.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3mbs_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3mbs_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2261.329 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The molecule has been synthesized #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 40% ethylenglycol 0.1 M Na/K/phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature RTK |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.27→50 Å / Num. all: 30089 / Num. obs: 25324 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.27→18.51 Å / 交差検証法: thoughout / σ(F): 4 / σ(I): -3 / 詳細: conjugate gradient refinement against I
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.27→18.51 Å
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