PDB-3mbc: Crystal structure of monomeric isocitrate dehydrogenase from Cory...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mbc

タイトル

Crystal structure of monomeric isocitrate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum in complex with NADP

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Holoenzyme / Apoenzyme / Open conformation / NADP / Glyoxylate bypass / Magnesium / Metal-binding / Tricarboxylic acid cycle

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sidhu, N.S. / Aich, S. / Sheldrick, G.M. / Delbaere, L.T.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of a highly NADP+-specific isocitrate dehydrogenase.
著者: Sidhu, N.S. / Delbaere, L.T. / Sheldrick, G.M.

履歴

登録	2010年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2011年9月21日	Group: Structure summary
改定 1.4	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mbc.cif.gz	595.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mbc.ent.gz	492.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mbc_validation.pdf.gz	766.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mbc_full_validation.pdf.gz	774.9 KB	表示
XML形式データ	3mbc_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	3mbc_validation.cif.gz	85.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b0tS 1itw 1j1w S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2b0t-d 3nie-d 4fhj-d 6j7f-d 7jx0-d 4wwp-d 2mzw-d 3qk0-d 4ezj-d 5jha-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP]

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP]

ヘテロ分子

161 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.840, 52.730, 236.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] / IDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 80167.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 株: ATCC 13032 / 参照: UniProt: P50216, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 25% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, 0.2 M tris[hydroxymethyl]aminomethane-HCl buffer, 0.2 M MgCl2, and 10 mM NADP, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月18日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator with indirectly cryo-cooled and sagittally focusing crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→19.74 Å / Num. all: 122536 / Num. obs: 119827 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.66 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.94
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.25 % / R_merge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 85.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.42 Å
Translation	2.5 Å	19.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Macromolecular	Crystallography Data Collection (MXDC)	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2b0t split into 2 domains: Domain I (residues 2-138, and 558-737) and Domain II (139-557).

2b0t

解像度: 1.9→19.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.725 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22926	5992	5 %	RANDOM
R_work	0.18938	-	-	-
obs	0.19137	113834	100 %	-
all	-	122536	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.086 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.85 Å²	0 Å²	0.45 Å²
2-	-	-1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11204	0	33	796	12033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	11450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.966	15564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	3	18458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.071	25.522	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.795	15	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.947	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.163	2	7318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.756	2	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.864	3	11726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.819	2	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.947	3	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	383	-
R_work	0.222	7266	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8391	-0.0625	0.254	1.2819	0.3802	3.0463	0.0392	-0.2948	-0.1008	0.3625	-0.0166	-0.0214	0.1026	-0.0624	-0.0226	0.1214	-0.0302	-0.0064	0.1981	0.0218	0.1983	21.007	6.598	37.4413
2	1.4514	0.5594	0.1195	1.0321	0.147	1.4304	0.1263	-0.1686	-0.0775	0.2169	-0.0541	-0.064	-0.0371	0.1543	-0.0722	0.0866	-0.0107	-0.0126	0.1522	-0.0103	0.2103	52.1965	0.3236	25.3261
3	1.0913	-0.3253	0.1941	2.246	-0.0448	2.105	0.0287	0.0599	0.0093	-0.0157	-0.0302	0.0755	-0.1123	-0.0531	0.0015	0.0117	-0.0127	0.0083	0.1063	0.0164	0.1837	18.755	14.3121	16.171
4	0.4477	0.26	0.5101	1.1376	-1.0073	4.1054	-0.0552	0.2011	0.0239	0.0635	0.0738	-0.0339	-0.0066	0.4157	-0.0186	0.558	0.0006	0.0652	0.5309	-0.0425	0.1852	80.444	23.8109	78.9216
5	0.6822	-0.0232	0.2534	1.7041	0.2745	1.6138	-0.0105	0.0171	0.0805	-0.0315	0.0396	0.3236	-0.0919	-0.0767	-0.0292	0.6583	-0.0019	0.0411	0.3934	0.0519	0.2601	50.7681	14.9032	82.5334
6	1.3047	0.2199	0.4151	2.9734	0.7378	2.0305	-0.0604	-0.0877	-0.0229	0.2648	0.1784	-0.1585	0.15	0.244	-0.1181	0.702	0.0599	0.0544	0.5056	-0.0596	0.1371	80.6156	22.8045	101.6619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	139 - 557
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	558 - 736
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	139 - 557
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	558 - 736

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