[日本語] English
万見
- PDB-3max: Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3max
タイトルCrystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide
要素Histone deacetylase 2
キーワードHYDROLASE / Class 2 / HDAC / foot pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / behavioral response to ethanol / negative regulation of MHC class II biosynthetic process ...positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / negative regulation of dendritic spine development / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / behavioral response to ethanol / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of interleukin-1 production / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of stem cell population maintenance / ESC/E(Z) complex / regulation of stem cell differentiation / cellular response to dopamine / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / histone deacetylase / cardiac muscle hypertrophy / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of signaling receptor activity / response to caffeine / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / histone deacetylase activity / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Notch-HLH transcription pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / eyelid development in camera-type eye / Sin3-type complex / dendrite development / positive regulation of proteolysis / RNA Polymerase I Transcription Initiation / response to amyloid-beta / histone deacetylase complex / hair follicle placode formation / Regulation of MECP2 expression and activity / NF-kappaB binding / positive regulation of collagen biosynthetic process / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cellular response to retinoic acid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / heat shock protein binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / response to amphetamine / SUMOylation of chromatin organization proteins / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / negative regulation of cell migration / response to cocaine / Regulation of PTEN gene transcription / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / response to nicotine / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / protein modification process / NoRC negatively regulates rRNA expression / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / heterochromatin formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / histone deacetylase binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of neuron projection development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to heat / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide / Histone deacetylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Skene, R.J. / Jennings, A.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Exploration of the HDAC2 foot pocket: Synthesis and SAR of substituted N-(2-aminophenyl)benzamides.
著者: Bressi, J.C. / Jennings, A.J. / Skene, R. / Wu, Y. / Melkus, R. / De Jong, R. / O'Connell, S. / Grimshaw, C.E. / Navre, M. / Gangloff, A.R.
履歴
登録2010年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 2
B: Histone deacetylase 2
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,89616
ポリマ－126,4383
非ポリマー1,45813
水11,241624
1
A: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7706
ポリマ－42,1461
非ポリマー6245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5635
ポリマ－42,1461
非ポリマー4174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5635
ポリマ－42,1461
非ポリマー4174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.311, 97.227, 138.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Histone deacetylase 2 / HD2


分子量: 42146.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q92769, histone deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 637分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-LLX / N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide


分子量: 288.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N2O
#6: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→79.06 Å / Num. all: 152040 / Num. obs: 79353 / Rmerge(I) obs: 0.107

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.053 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20425 3973 5 %RANDOM
Rwork0.16414 ---
obs0.16619 75270 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å20 Å20 Å2
2--3.56 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8842 0 88 624 9554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.96312400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.13651094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75223.744454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2691552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.24539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.26302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.215
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71125438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66838752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27123867
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.31233648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 244 -
Rwork0.202 5480 -
obs--98.4 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る