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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m9z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of extracellular domain of mouse NKR-P1A | ||||||
要素 | Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1A | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / C-type lectin-like domain / domain swapping / disulfide bond (ジスルフィド) / receptor (受容体) / transmembrane protein (膜貫通型タンパク質) / natural killer cell receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / signaling receptor activity / carbohydrate binding / 細胞膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kolenko, P. / Rozbesky, D. / Bezouska, K. / Hasek, J. / Dohnalek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011 タイトル: Molecular architecture of mouse activating NKR-P1 receptors. 著者: Kolenko, P. / Rozbesky, D. / Vanek, O. / Kopecky, V. / Hofbauerova, K. / Novak, P. / Pompach, P. / Hasek, J. / Skalova, T. / Bezouska, K. / Dohnalek, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m9z.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m9z.ent.gz | 28.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m9z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m9z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1e87S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16008.773 Da / 分子数: 1 断片: C-TYPE LECTIN-LIKE EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP residues 89 to 227) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 遺伝子: Klrb1a, Ly55, Ly55a, Nkrp1a / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3) RIL / 参照: UniProt: P27811 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.3M Ammonium phosphate, not buffered, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日 / 詳細: MIRRORS, Microdiffractometer MD2 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→15 Å / Num. obs: 16416 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -999 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2319 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E87 解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / SU B: 1.995 / SU ML: 0.065 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 立体化学のターゲット値: CCP4 STEREOCHEMICAL LIBRARY 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; MAXIMUM LIKELIHOOD REFINEMENT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.297 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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