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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m92 | ||||||
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タイトル | The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella flexneri. | ||||||
要素 | Protein yciN | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / DUF2498 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function (DUF2498) / Protein of unknown function DUF2498 / YciN superfamily / Protein of unknown function (DUF2498) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Protein YciN 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella flexneri. 著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m92.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m92.ent.gz | 34.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m92.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3m92_validation.pdf.gz | 431.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3m92_full_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3m92_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3m92_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m92 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | unknown but likely dimer in asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12253.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌) 株: 2457T / 遺伝子: S1360, SF1275, yciN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21 / 参照: UniProt: P0AB64 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.5M K3PO4, 0.5M NaPO4, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97929 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 12 % / Av σ(I) over netI: 50.44 / 数: 187426 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.54 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15604 / % possible obs: 97.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 15604 / Num. obs: 15604 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.541 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Num. unique all: 791 / Χ2: 0.476 / % possible all: 99.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.05 Å / D res low: 48.8 Å / FOM : 0.301 / FOM acentric: 0.32 / FOM centric: 0.176 / 反射: 15536 / Reflection acentric: 13472 / Reflection centric: 2064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 48.8 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→28.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 8.851 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / SU Rfree: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.154 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.14 Å2 / Biso mean: 35.166 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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