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- PDB-3m92: The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella fl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m92
タイトルThe structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella flexneri.
要素Protein yciN
キーワードstructural genomics / unknown function / DUF2498 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Protein of unknown function (DUF2498) / Protein of unknown function DUF2498 / YciN superfamily / Protein of unknown function (DUF2498) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Protein YciN
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of yciN, an unchracterized protein from Shigella flexneri.
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein yciN
B: Protein yciN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5654
ポリマ－24,5062
非ポリマー582
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.35, 56.35, 132.26
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細unknown but likely dimer in asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Protein yciN


分子量: 12253.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
株: 2457T / 遺伝子: S1360, SF1275, yciN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21 / 参照: UniProt: P0AB64
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.5M K3PO4, 0.5M NaPO4, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97929
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979291
Reflection冗長度: 12 % / Av σ(I) over netI: 50.44 / 数: 187426 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.54 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15604 / % possible obs: 97.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.565087.410.0686.91710.2
4.425.569410.0573.98711.4
3.864.4294.810.063.61111.8
3.513.8696.110.0663.19711.9
3.253.5197.110.0652.50812
3.063.2597.210.0691.85212.2
2.913.0697.810.0721.33912.1
2.782.9197.910.0831.11412.2
2.682.7898.110.0940.88512.1
2.582.6898.210.1150.81212.3
2.52.589910.1340.72612.2
2.432.598.410.1620.65612.2
2.372.439910.1890.60212.2
2.312.3798.510.2060.59212.2
2.262.3199.110.240.56312.3
2.212.2699.310.3310.55412.2
2.162.2198.910.3760.55412
2.122.1699.210.4830.49712.4
2.092.1299.410.6430.48712.1
2.052.0999.510.6550.47612.3
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 15604 / Num. obs: 15604 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.541 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Num. unique all: 791 / Χ2: 0.476 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.05 Å / D res low: 48.8 Å / FOM : 0.301 / FOM acentric: 0.32 / FOM centric: 0.176 / 反射: 15536 / Reflection acentric: 13472 / Reflection centric: 2064
Phasing MAD set

最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 48.8 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.6310000134722064
20.980.95913.40.390.33125431976
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
112.67-48.81.4910.30.1003229
17.28-12.671.0310.20.20019688
15.11-7.281.5510.20.100509163
13.93-5.111.1710.10.1001001208
13.2-3.931.2610.10001614288
12.7-3.22.35100002386354
12.33-2.710.56100003321419
12.05-2.333.13100004413515
212.67-48.81.07122.322.50.960.953229
27.28-12.670.970.9225.128.80.680.5219688
25.11-7.280.930.911517.90.920.69509163
23.93-5.110.960.931922.20.470.361001208
23.2-3.930.990.9616.520.70.330.231614288
22.7-3.20.980.979.413.10.320.192386354
22.33-2.70.980.985.46.90.290.183320419
22.05-2.330.9913.85.20.210.123485427
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

IDB isoFract xFract yFract zOccupancyOccupancy iso
163.4469-0.195-0.86-0.0094.7790
266.7653-0.205-0.7980.0464.8940
368.4683-0.322-0.707-0.1381.1140
456.8645-0.194-0.858-0.0092.609-0.21
562.1972-0.204-0.7970.0462.669-0.237
661.387-0.327-0.711-0.1370.505-0.038
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.67-48.80.5170.6260.396613229
7.28-12.670.4860.5740.2928419688
5.11-7.280.6140.6790.412672509163
3.93-5.110.520.5750.25412091001208
3.2-3.930.460.5070.19719021614288
2.7-3.20.410.4440.18527402386354
2.33-2.70.2580.2730.13237403321419
2.05-2.330.1020.1080.05449284413515
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15536
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.45-100570.769502
5.12-6.4554.60.89503
4.48-5.1255.10.917506
4.07-4.4858.60.904504
3.77-4.0761.90.916506
3.55-3.7763.20.905503
3.37-3.5559.20.907508
3.22-3.3760.80.893511
3.09-3.2261.80.892516
2.98-3.0959.30.891536
2.88-2.9858.60.882548
2.79-2.8860.60.865568
2.7-2.7962.50.882597
2.63-2.765.30.866631
2.56-2.6366.20.869603
2.49-2.5667.90.87659
2.43-2.4970.40.856642
2.37-2.4371.50.878687
2.32-2.3769.30.886682
2.27-2.3274.40.886717
2.23-2.2774.90.881714
2.18-2.23770.894741
2.14-2.1881.40.894750
2.1-2.1482.20.877753
2.05-2.186.60.8381149

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→28.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 8.851 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / SU Rfree: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.154
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 769 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 15541 --
obs0.2 15541 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.14 Å2 / Biso mean: 35.166 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→28.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1253 0 2 91 1346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9551783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92332110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3795169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.35824.83962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18515230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.157156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8791.5812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.211.5331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70421313
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8623499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6454.5465
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 61 -
Rwork0.226 1077 -
all-1138 -
obs--99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22150.6935-0.37942.1921-0.43612.18840.0832-0.07730.04530.1897-0.1379-0.167-0.12540.19040.05470.172-0.1031-0.04910.07190.04350.140940.098214.71991.8222
22.42450.4812-0.0682.3921-1.22592.732-0.0263-0.0573-0.10040.0564-0.0569-0.12940.05520.02190.08320.1448-0.0874-0.03750.05730.03980.162834.83915.50721.7302
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 82
2X-RAY DIFFRACTION1A86
3X-RAY DIFFRACTION1A87 - 125
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 82
5X-RAY DIFFRACTION2B86
6X-RAY DIFFRACTION2B87 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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