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- PDB-3m8z: Phosphopentomutase from Bacillus cereus bound with ribose-5-phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8z
タイトルPhosphopentomutase from Bacillus cereus bound with ribose-5-phosphate
要素Phosphopentomutase
キーワードISOMERASE / alkaline phosphatase like core domain / di-metallo catalytic center / manganese binding / manganese / metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic compound salvage / phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphopentomutase / Phosphopentomutase / Phosphopentomutase DeoB cap domain superfamily / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...Phosphopentomutase / Phosphopentomutase / Phosphopentomutase DeoB cap domain superfamily / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / : / Phosphopentomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G. / Wadzinski, B. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Bacillus cereus Phosphopentomutase Is an Alkaline Phosphatase Family Member That Exhibits an Altered Entry Point into the Catalytic Cycle.
著者: Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G.R. / Phelan, V.V. / McDonald, W.H. / Wadzinski, B.E. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
履歴
登録2010年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopentomutase
B: Phosphopentomutase
C: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,21619
ポリマ－133,7743
非ポリマー1,44216
水17,655980
1
A: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4909
ポリマ－44,5911
非ポリマー8988
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9706
ポリマ－44,5911
非ポリマー3795
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7564
ポリマ－44,5911
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.588, 76.755, 107.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABC

#1: タンパク質 Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase


分子量: 44591.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: deoB, BC_4087 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase
#6: 糖 ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 994分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.01 Å / Num. all: 130328 / Num. obs: 128719 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 11750 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3M8W

3m8w


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.97 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1983 6127 4.8 %RANDOM
Rwork0.1683 122526 --
obs0.1697 128653 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.69 Å2 / Biso mean: 27.0423 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å2-0.98 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9195 0 69 980 10244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0991.99212858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39851188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61425.011441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14151675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4331548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3581.55871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70729467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31933633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2834.53391
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 394 -
Rwork0.247 8038 -
all-8432 -
obs--88.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7938-0.1099-0.26391.18660.18161.12430.01170.2516-0.0031-0.2392-0.00310.0888-0.0014-0.0104-0.00860.09690.003-0.00480.0490.01090.0251.55335.8086-14.4979
21.8543-0.13521.29190.1379-0.26841.1990.07720.0701-0.00990.0066-0.112-0.08860.04290.26730.03480.14880.0114-0.0110.1794-0.01990.164321.310918.24076.7452
31.731-0.47020.24193.7646-1.7462.73940.0764-0.1677-0.06220.08480.0080.09240.0469-0.0816-0.08440.0572-0.015-0.0270.1242-0.03250.088618.792615.548216.3949
41.2115-0.1295-0.26141.49980.14551.0506-0.0286-0.04690.03220.02060.01670.10720.0137-0.0440.01190.0274-0.0056-0.0040.00670.00120.0183-2.18559.1879-2.3342
52.1861-0.44221.56391.0465-0.53753.8125-0.00180.0670.083-0.05340.02460.154-0.1101-0.2618-0.02290.02240.0042-0.00110.0441-0.00060.0939-27.2637-0.631946.2664
61.03030.62360.10561.92620.08781.1187-0.03060.1114-0.0462-0.06120.07560.22690.0503-0.202-0.04510.01920.0072-0.00260.08490.00580.111-30.1087-5.001846.1602
73.0541-0.974-0.29991.62370.46361.83990.0150.20030.0628-0.0257-0.04850.00470.06150.01280.03350.0969-0.01960.00470.10660.02450.0692-1.27173.829529.4533
80.99380.09310.28831.40280.01441.5071-0.0022-0.01950.00340.0280.01890.0243-0.02820.0138-0.01670.00680.00170.0180.00140.00490.0524-19.9049-3.42552.6651
90.7462-0.09820.34511.0819-0.38051.44060.00320.0155-0.02760.0192-0.0594-0.21720.15910.35260.05620.10510.0464-0.01510.28040.02850.162325.407-7.813562.1144
102.75410.9595-0.3741.9736-0.57860.68860.0231-0.37750.0210.114-0.1217-0.3074-0.03480.30050.09870.1990.0155-0.00690.2891-0.0110.16272.3153-1.538785.1397
112.85830.5178-0.12143.0223-0.05872.955-0.0925-0.0885-0.0327-0.0560.0726-0.12420.01260.18410.01990.08240.04840.01590.1092-0.00810.0762-3.9524-3.420278.0331
120.7927-0.13650.34631.0301-0.41532.10190.02510.03820.0191-0.0626-0.0321-0.03840.1540.27270.0070.07860.04120.0010.16490.01060.106116.5072-5.102856.1471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3A159 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4A216 - 392
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6B32 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7B101 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8B217 - 393
9X-RAY DIFFRACTION9C3 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10C99 - 140
11X-RAY DIFFRACTION11C141 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12C216 - 392
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4ligands.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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