PDB-3m8w: Phosphopentomutase from Bacillus cereus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m8w

タイトル

Phosphopentomutase from Bacillus cereus

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase like core domain / di-metallo catalytic center / manganese binding / manganese / metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G. / Wadzinski, B. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Bacillus cereus Phosphopentomutase Is an Alkaline Phosphatase Family Member That Exhibits an Altered Entry Point into the Catalytic Cycle.
著者: Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Watkins, G.R. / Phelan, V.V. / McDonald, W.H. / Wadzinski, B.E. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.

履歴

登録	2010年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m8w.cif.gz	499.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m8w.ent.gz	410.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m8w_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m8w_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	3m8w_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	3m8w_validation.cif.gz	82.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m8yC 3m8zC 3ot9C 3m90 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3un5-5 4lr7-1 4lra-1 4lra-2 4lrb-3 3un5-2 3uny-4 4lr9-3 3uo0-1 3uny-3 3m8z-1 3tx0-d 4lr9-1 3uny-5 3un2-1 3m8y-1 3un2-2 4lra-3 3un5-4 3un5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.238, 76.552, 106.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.890, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase 分子量: 44591.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 948 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.74 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.7 Å / Num. obs: 116902 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.1 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 11723 / R_sym value: 0.369 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.924 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1857	5847	5 %	RANDOM
R_work	0.1568	110953	-	-
obs	0.1582	116800	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.7 Å² / B_iso mean: 31.2195 Å² / B_iso min: 14.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	0 Å²	-1.27 Å²
2-	-	-1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9196	0	38	948	10182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.08	1.988	12721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.441	5	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.479	25.069	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.589	15	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.005	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.346	1.5	5853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.674	2	9424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.238	3	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.127	4.5	3297

Refine LS restraints NCS

NCS model details: NONE

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	454	-
R_work	0.209	8135	-
all	-	8589	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9467	-0.152	-0.0912	1.1954	0.1954	0.6936	0.0137	0.1556	-0.0232	-0.2489	-0.0083	0.0755	0.0013	0.0026	-0.0054	0.079	0.0003	-0.005	0.0475	0.0069	0.0255	1.8099	5.5726	-14.281
2	1.5081	0.1033	0.6445	0.6975	-0.3238	1.8265	0.0753	-0.0461	-0.015	0.0506	-0.0503	-0.1822	0.0195	0.303	-0.025	0.0371	-0.0047	-0.0046	0.0836	-0.0291	0.0947	20.9963	18.1636	6.6571
3	2.0836	-0.867	0.648	4.7062	-2.3126	3.8071	0.1377	-0.1677	-0.0715	0.1031	-0.0885	0.0536	0.0852	0.0456	-0.0493	0.0336	-0.0233	-0.0314	0.1253	-0.0216	0.0732	18.535	15.4464	16.4699
4	0.4269	-0.0681	-0.0141	1.0274	0.0603	0.5267	-0.0202	-0.003	0.0144	-0.027	0.0109	0.0881	0.021	-0.0256	0.0094	0.0375	-0.0014	0.0029	0.0457	0.0053	0.0595	-2.0558	9.008	-2.4164
5	1.2945	-0.0866	0.9743	0.7794	-0.2885	2.3715	-0.0677	-0.0226	0.0697	-0.0581	0.0269	0.1267	-0.0575	-0.1906	0.0408	0.0108	0.0073	-0.0173	0.0367	-0.0021	0.1029	-26.9795	-0.486	47.1167
6	0.8276	0.4448	-0.062	1.6199	0.0388	1.0548	-0.0251	0.07	-0.0435	-0.0669	0.0466	0.2063	0.0294	-0.1575	-0.0215	0.0047	-0.0005	-0.0109	0.0756	0.0089	0.1163	-30.1282	-4.9861	45.73
7	3.1286	-1.2023	0.1038	1.439	0.1639	1.9175	0.0411	0.3375	0.1619	-0.01	-0.1059	-0.052	0.07	0.0629	0.0648	0.0258	-0.0081	0.0107	0.0764	0.0332	0.0234	-1.3803	3.7231	29.2392
8	0.4895	0.0122	0.1216	0.7771	-0.0305	0.6529	0.0063	-0.0039	-0.0125	-0.0038	0.0157	0.0642	0.0113	-0.021	-0.022	0.0239	0.0003	0.0168	0.0432	-0.0001	0.0781	-20.1577	-3.6888	52.1388
9	0.8406	-0.4056	0.8369	1.1743	-1.1564	2.8493	0.076	0.1242	0.0262	-0.0173	-0.1982	-0.2124	0.3432	0.8814	0.1221	0.0648	0.1385	-0.0167	0.3738	0.0408	0.0887	25.0966	-7.6438	61.6572
10	4.8599	1.0042	-1.9883	3.3075	-1.0166	2.4808	0.0286	-0.8376	-0.0303	0.1037	-0.1557	-0.3335	-0.0348	0.7988	0.127	0.0816	0.0242	-0.0214	0.3485	-0.0188	0.0571	2.2111	-1.8793	84.3513
11	2.5885	0.1974	-0.767	2.7938	0.0992	4.2267	-0.1144	-0.2182	-0.0335	-0.0054	0.0907	-0.0674	0.1381	0.3355	0.0237	0.0243	0.0436	0.015	0.1087	-0.0111	0.0597	-4.2955	-3.5136	77.3731
12	0.7678	-0.2917	0.5807	1.0033	-0.6872	3.2427	0.0778	0.0729	0.0348	-0.0909	-0.1002	-0.0691	0.3312	0.5977	0.0224	0.0434	0.0805	0.0026	0.1722	0.017	0.0418	16.4581	-5.1629	55.8223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 393
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION	4	ligands.par	&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION	5		&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)