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万見
- PDB-3m8l: Crystal Structure Analysis of the Feline Calicivirus Capsid Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8l
タイトルCrystal Structure Analysis of the Feline Calicivirus Capsid Protein
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / fcv-5 capsid / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Feline calicivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASE EXTENSION / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhou, Y. / Prasad, B.V.V.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Conformational changes in the capsid of a calicivirus upon interaction with its functional receptor
著者: Ossiboff, R.J. / Zhou, Y. / Lightfoot, P.J. / Prasad, B.V. / Parker, J.S.
履歴
登録2010年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年6月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,7853
ポリマ－175,7853
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,547,080180
ポリマ－10,547,080180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 879 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)878,92315
ポリマ－878,92315
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.05 MDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,054,70818
ポリマ－1,054,70818
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.64 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,636,77045
ポリマ－2,636,77045
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)427.080, 450.726, 467.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
6generate(1), (1), (1)
7generate(-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699)
8generate(-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699)
9generate(0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699)
10generate(0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)
13generate(0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)
14generate(-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699)
15generate(-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, -0.5)

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / VP1


分子量: 58594.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Feline calicivirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A2T4Q0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 0.45 M ammonium phosphate with Additive Screen Reagent C10 (1.0 M Glycine), pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 542590 / Observed criterion σ(I): 5

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
RAVEモデル構築
CNS精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: PHASE EXTENSION
開始モデル: PDB ENTRY 2GH8

2gh8


解像度: 3.4→30 Å
Rfactor反射数
Rfree0.37 -
Rwork0.39 -
obs0.39 542590
all-542590
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12360 0 0 0 12360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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