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- PDB-3m8d: Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 with bound calcium a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m8d
タイトルCrystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 with bound calcium and cyanocobalamin
要素Vitamin B12 transporter btuB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / R1 / spin label / Cell membrane / Cell outer membrane / Ion transport / Membrane / Metal-binding / Phage recognition / Porin / Receptor / TonB box / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / transmembrane transporter complex / porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / Chem-MTN / Vitamin B12 transporter BtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Freed, D.M. / Horanyi, P.S. / Wiener, M.C. / Cafiso, D.S.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2010
タイトル: Conformational exchange in a membrane transport protein is altered in protein crystals.
著者: Freed, D.M. / Horanyi, P.S. / Wiener, M.C. / Cafiso, D.S.
履歴
登録2010年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32011年10月26日Group: Database references
改定 1.42012年2月15日Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.52017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.02021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 transporter btuB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,97012
ポリマ－66,3901
非ポリマー3,58011
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.051, 82.051, 224.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Vitamin B12 transporter btuB


分子量: 66390.195 Da / 分子数: 1 / 変異: V10R1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB, bfe, cer, dcrC, b3966, JW3938 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06129

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非ポリマー , 5種, 87分子

#2: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 2.5% PEG3350, 150 mM calcium chloride, 20 mM Bis tris, 10 mM C8E4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
放射モノクロメーター: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 32358 / Num. obs: 32358 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 4.9 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.653 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.44→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Num. unique all: 2370 / Χ2: 1.3 / % possible all: 72.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.85 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.04 Å
Translation2.5 Å44.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→44.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.303 / WRfactor Rwork: 0.249 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / FOM work R set: 0.827 / SU B: 17.249 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.375 / SU Rfree: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1647 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.279 30642 --
obs0.229 32289 96.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.94 Å2 / Biso mean: 37.685 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→44.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4552 0 234 76 4862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0371.9766660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9693.0017884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0255581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67423.803234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3515681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.721531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.52864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1861.51212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64524584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51432037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0144.52076
LS精密化 シェル解像度: 2.442→2.505 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 74 -
Rwork0.361 1556 -
all-1630 -
obs--67.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5059-0.3301-0.64671.8189-0.7962.5488-0.1152-0.16710.06150.36930.0687-0.1509-0.19430.1370.04650.08190.027-0.04720.43480.1560.20521.5576-27.7695-24.2165
21.0934-0.0173-0.08381.0818-0.12471.0196-0.1201-0.15590.10490.29050.0921-0.0855-0.18380.02710.0280.11680.0574-0.03070.41160.17050.200820.8979-29.319-19.8176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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