PDB-3m86: Crystal structure of the cysteine protease inhibitor, EhICP2, fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m86

タイトル

Crystal structure of the cysteine protease inhibitor, EhICP2, from Entamoeba histolytica

要素

Amoebiasin-2

キーワード

PROTEIN BINDING / cysteine protease inhibitor / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / phagocytic vesicle / lysosome / enzyme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lara-Gonzalez, S. / Casados-Vazquez, L.E. / Brieba, L.G.

引用

ジャーナル: Gene / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the cysteine protease inhibitor 2 from Entamoeba histolytica: functional convergence of a common protein fold.
著者: Casados-Vazquez, L.E. / Lara-Gonzalez, S. / Brieba, L.G.

履歴

登録	2010年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m86.cif.gz	107.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m86.ent.gz	81.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m86_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m86_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	3m86_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	3m86_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/3m86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m88C 2nnrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m88-1 1y16-d 2k0r-d 2z9t-d 4q56-d 2kbg-d 1i11-d 5mkw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Amoebiasin-2

B: Amoebiasin-2

ヘテロ分子

25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amoebiasin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amoebiasin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Amoebiasin-2

B: Amoebiasin-2

ヘテロ分子

A: Amoebiasin-2

B: Amoebiasin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.523, 60.122, 61.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-152- HOH

#1: タンパク質	Amoebiasin-2 / Cysteine protease inhibitor 2 / EhICP2 / ICP-2 分子量: 12574.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_040460, ICP2 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta-gami / 参照: UniProt: C4M2H5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate; 30% PEG4000; 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→28.262 Å / Num. all: 25606 / Num. obs: 25606 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1.12 / Observed criterion σ(I): 1.12 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 3652 / % possible all: 98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 36.44 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28.26 Å
Translation	2.5 Å	28.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NNR

2nnr

解像度: 1.65→27.324 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1285	5.02 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.185	25579	-	-
obs	0.185	25579	99.11 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.323 Å² / k_sol: 0.401 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.56 Å² / B_iso mean: 25.184 Å² / B_iso min: 6.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.257 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.308 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.949 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.324 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1667	0	28	187	1882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	2463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.901	661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.65-1.716	0.213	136	0.177	2645	2781	2645	98
1.716-1.794	0.221	143	0.169	2619	2762	2619	99
1.794-1.889	0.229	141	0.166	2653	2794	2653	99
1.889-2.007	0.201	138	0.165	2670	2808	2670	99
2.007-2.162	0.2	132	0.167	2673	2805	2673	99
2.162-2.379	0.202	135	0.17	2717	2852	2717	99
2.379-2.723	0.22	149	0.192	2710	2859	2710	100
2.723-3.43	0.23	153	0.182	2753	2906	2753	100
3.43-27.328	0.197	158	0.192	2854	3012	2854	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4078	-0.6163	-1.1252	3.9844	4.0924	4.5023	-0.1234	-0.4917	-0.1786	0.1935	-0.1406	0.2577	0.3597	-0.2549	-0.3895	0.054	0.0315	-0.0232	0.1898	0.0089	0.0934	-40.4945	16.0395	4.2718
2	0.8378	-0.375	0.261	1.8152	0.1362	2.3037	0.1013	-0.0024	0.0626	-0.1534	-0.0765	-0.121	-0.1502	-0.1689	-0.0003	0.051	0.0273	0.0138	0.0644	0.0187	0.0793	-29.3401	13.6903	-3.4468
3	0.2116	-0.3217	0.0531	0.6264	0.3504	1.3291	-0.1283	-0.024	0.1346	0.1379	0.2058	-0.5415	-0.071	0.4577	-0.015	0.1397	0.0754	-0.062	0.143	-0.0774	0.1219	-23.8644	12.7233	7.51
4	0.2534	-0.1218	-0.4949	0.7911	-0.0463	1.2356	0.0733	0.2697	-0.0216	-0.2064	-0.055	0.2715	0.0203	-0.4914	-0.001	0.172	-0.0127	-0.0171	0.1021	-0.0075	0.0755	-30.6734	2.1111	-1.4005
5	0.0875	-0.0587	0.0472	0.0639	-0.0474	0.0355	-0.1819	0.0429	0.2072	-0.0281	-0.5541	0.118	-0.1335	-0.0222	-0.0032	1.775	0.2874	-0.497	1.3046	-0.1357	1.2116	-33.5268	-0.7383	-18.5133
6	1.2886	0.1965	-0.8095	1.2977	0.4122	1.8074	-0.109	0.0346	0.0673	0.1408	-0.0772	0.0808	0.4413	-0.2663	-0.0115	0.0941	0.0209	-0.0257	0.0773	0.0072	0.0792	-29.8909	9.6251	1.3561
7	1.2922	-0.1781	-0.0367	2.5727	0.0023	2.6728	0.2763	-0.2485	0.2796	-0.1852	0.2008	-0.7463	-0.3354	0.4839	0.0459	0.0239	-0.0132	0.0282	0.0818	-0.0412	0.1677	-20.3027	15.3869	-3.3384
8	1.0744	-0.7042	0.3694	1.7756	0.3333	0.4455	0.1017	0.2157	0.1982	0.0605	0.0053	-0.033	0.0237	-0.2019	-0.0006	0.0551	0.0093	-0.0159	0.1015	-0.0034	0.0727	11.3594	15.8217	2.8317
9	0.9192	0.5094	-0.2166	1.2233	-0.3332	1.455	0.1118	-0.1244	0.0379	0.09	-0.1565	0.1567	0.0316	0.0128	0.0002	0.0751	0.0037	0.0027	0.0919	-0.0037	0.1062	2.6358	12.7323	5.2177
10	0.0622	0.0117	-0.0346	0.0197	-0.0471	0.1085	-0.2307	-0.1019	0.0342	-0.2827	0.1211	0.1582	0.167	-0.4144	0.0016	0.1201	-0.0613	-0.0495	0.203	0.0452	0.1674	-4.448	15.7755	-4.111
11	0.7309	0.1973	-0.6422	0.8101	0.2617	0.8123	-0.1798	-0.1564	-0.0337	0.1244	-0.0003	-0.0414	0.168	0.0339	0.0002	0.1194	0.0204	-0.012	0.0772	0.0218	0.0678	3.3984	5.9024	-0.4905
12	1.4031	0.81	-0.394	1.7885	0.0031	2.2042	0.0011	-0.1111	-0.1078	-0.0421	-0.0212	0.1341	0.3129	-0.0041	0.0004	0.047	0.0045	-0.014	0.0465	0.0032	0.055	0.2377	11.3307	2.5609
13	0.564	0.3915	1.2666	0.3359	0.4737	5.4331	-0.2052	0.5916	0.344	-0.7322	0.5165	-0.3469	0.9521	0.3855	0.0027	0.3585	-0.1014	-0.0446	0.3309	0.0641	0.594	-17.491	4.5965	9.4645
14	1.0453	-0.669	0.375	1.2264	0.0335	0.5298	0.119	-0.2229	0.3974	0.2079	0.0911	0.3338	-0.1542	-0.0088	0.0011	0.1052	-0.0041	0.0145	0.0892	-0.0122	0.0875	-0.6852	19.0404	6.0458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -4:21)	A	-4 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:52)	A	22 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 53:63)	A	53 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 64:70)	A	64 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 71:79)	A	71 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 80:94)	A	80 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 95:123)	A	95 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid -4:24)	B	-4 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 25:53)	B	25 - 53
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 54:59)	B	54 - 59
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 60:71)	B	60 - 71
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 72:104)	B	72 - 104
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 105:111)	B	105 - 111
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 112:123)	B	112 - 123

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)